Когда об этом стало известно высокому начальству, от него потребовали объяснения. Медведев сослался на указания ЦК ВКП(б) о необходимости всем органам НКВД впредь соблюдать все нормы социалистической законности. Терпеть подобное самоуправство во стороны Медведева никто не хотел. И особоуполномоченному НКВД СССР майору госбезопасности Алексею Стефанову было поручено с ним «разобраться». Тот приехал и «разобрался». По докладу Стефанова в ноябре 1939 года Берия подписал приказ об увольнении в отставку капитана госбезопасности Д.Н. Медведева «за допущение массового необоснованного прекращения следственных дел».
Так Дмитрий Николаевич в возрасте сорока одного года оказался в отставке. Он переехал в Москву, некоторое время снимал частную комнату, а потом купил полдома в дачном поселке Томилино по Казанской железной дороге, где и поселился с женой Татьяной Ильиничной и престарелым отцом Николаем Федоровичем.
В первые же дни войны Медведев написал в наркомат докладную записку, в которой обосновал идею о благоприятных условиях, которые создаст массовое партизанское движение для широкого развертывания и ведения во вражеском тылу активной разведывательной работы при участии профессиональных чекистов. Далее он подробно сформулировал принципы действия чекистских спецгрупп, которые после заброски на оккупированную территорию развертывались бы в сильные партизанские отряды.
Докладную Медведев отвез в Москву и передал из рук в руки давнему сослуживцу, одному из немногих уцелевших старых чекистов Петру Петровичу Тимофееву, уже ранее упоминавшемуся.
Тимофеев, в свою очередь, передал записку «товарищу Андрею», то есть Судоплатову, уже возглавлявшему Особую группу. Тот мгновенно оценил предложения Медведева, в основном совпадавшие с его собственными. К тому же оказалось, что «товарищ Андрей» отлично помнит Дмитрия Николаевича (по возрасту и стажу службы старше его самого) по работе на Украине в конце двадцатых годов. Еще лучше знал Медведева по совместной службе в Донбассе Виктор Александрович Дроздов.
«Товарищ Андрей» и Дроздов, наделенные большими полномочиями, добились того, что капитан госбезопасности Медведев был восстановлен в кадрах наркомата и вернулся в строй.
Между тем уже 29 июня и 18 июля 1941 года руководством страны были приняты важнейшие директивы о разжигании на оккупированной врагом советской территории партизанской войны. Повсеместно население приняло и поддержало лозунг: «Пусть земля горит под ногами оккупантов!»
…Очень скоро немцы почувствовали на себе всю силу народного гнева. С каждым днем удары партизан по вражеским гарнизонам, транспортным артериям, коммуникациям связи становились все ощутимее. Такого организованного сопротивления со стороны населения гитлеровцы не ожидали. Их расчеты поддерживать «новый порядок» на советской земле «обычными», проверенными в Западной Европе мерами и сравнительно малочисленными полицейскими частями и подразделениями не оправдались. Против партизан пришлось бросать целые дивизии вермахта, в том числе и отозванные с этой целью с фронта. Уже 16 сентября 1941 года начальник штаба верховного главнокомандования вооруженными силами Германии генерал-фельдмаршал Кейтель издает пресловутый приказ «О подавлении коммунистического повстанческого движения». Приведем некоторые выдержки из этого приказа: