Последние наступательные действия конфедератов относятся к войнам периода Реформации. Хотя Швейцария и не стала местом рождения этого движения за обновление церковной жизни в Европе, но ее вполне можно сравнить с колыбелью Реформации, где многие идеи сформировались и выросли в значительную религиозную и политическую силу. Это объясняется тем вниманием, какое альпийские традиции уделяли чистоте веры и праведности христианской жизни в противовес обогащению верхушки Церкви и ее удалению от народа. Поэтому в Швейцарии живо откликнулись на распространяемое с 1517 года учение Мартина Лютера, которое здесь подхватили и развили по-своему многие городские проповедники. В противовес Германии, где успех лютеранства определялся его поддержкой со стороны местных князей, в Швейцарии именно города стали силой, выступившей проводником Реформации: в первую очередь это Цюрих, Базель, Берн, Шаффхаузен. В то же время сельские кантоны, а также Люцерн и Фрибур остались верны католичеству, что вызвало внутренние вооруженные конфликты 1529–1531 годов (Каппельские войны), где протестантские кантоны потерпели поражение, остановившее дальнейшее продвижение Реформации в немецкоязычных областях. Однако важно, что заключенный мир не привел к развалу Конфедерации, а, напротив, закрепил принцип религиозной свободы, позволив каждому кантону самостоятельно выбирать свою веру.
Распространение же Реформации с 1530-х годов возглавило «франкоязычное пограничье» тогдашней Швейцарии. Его центром стала Женева – епископский город, который фактически находился под протекторатом Савойи, но в 1526 году заключил союз с Берном и Фрибуром. Проповедь Гийома Фареля и Пьера Вире в Женеве и земле Во порождала здесь отклик не только у городского, но и у сельского населения, что вызывало противодействие савойских властей. Так, в 1530 году они арестовали приора (младший настоятельский титул) монастыря Сен-Виктор за стенами Женевы, Франсуа Бонивара, который был брошен в сырую тюрьму на берегу озера и стал знаменитым «Шильонским узником», воспетым в XIX веке Байроном и также превратившимся в часть национального мифа. Тем временем городские власти Женевы в 1536 году официально приняли Реформацию, что дало возможность Берну как союзнику Женевы развернуть успешные боевые действия против Савойи[33]. В их ходе была завоевана земля Во, а вместе с ней сдалась бернцам и Лозанна, прежде считавшаяся епископском городом и имевшая вольный имперский статус. В 1564 году Савойский герцог Эммануил Филиберт подписал мирный договор, по которому вся родина Лагарпа, от Юры на западе до района впадения Роны в Женевское озеро на востоке, подчинялась Берну. Женева же была провозглашена республикой, основы религиозно-государственного строя которой заложил Жан Кальвин в 1540-е годы (ее независимость Савойя формально признала в 1603 году).
Реформация придала окончательные черты «Конфедерации 13 кантонов». Ее состав больше не менялся, притом что с ее отдельными членами в XV–XVI веках различными договорами себя связал еще десяток так называемых «союзных земель» (
В XVII и XVIII веках политический строй Швейцарии почти не изменялся, а также продолжалось экономическое процветание, основанное теперь еще и на религиозных свободах (так, на берега Женевского озера устремились гугеноты, бежавшие от преследований во Франции и привозившие с собой немалые капиталы). Городские республики управлялись, как правило, Большим и Малым советами. Первый представлял собой заседавший еженедельно законодательный орган, куда входило несколько десятков человек, за которых проголосовали горожане; второй – избранное правительство, работавшее ежедневно и передававшее наиболее важные вопросы на рассмотрение Большого совета. Сельские кантоны сохраняли формы