Первые Ла-5ФН имели такую же круглую маркировку, но с буквами «ФН». Однако, вскоре его вытеснило изображение в виде ромба с вписанными буквами «ФН», располагавшееся в тех же позициях, что и старое обозначение.
Уже в ходе сражения над Кубанью, где было сконцентрировано большое количество авиачастей, стала очевидной необходимость введения индивидуальной окраски самолетов разных подразделений. Именно тогда были введены различные схемы использования опознавательных знаков, как временных (использовавшихся только на протяжении данной операции), так и постоянных. Наиболее широкое распространение эта практика имела в ходе Курской Битвы и Берлинской операции. Опознавательные знаки обычно имели вид цветных полос на фюзеляже, вертикальном оперении или крыльях. Довольно часто встречались обозначения, позволявшие определить принадлежность самолета к определенному полку в пределах дивизии, имевшие вид диагональных полос на вертикальном оперении, количество которых (1–3) указывало на номер полка. Реже встречались обозначения, позволявшие отличить самолет командира эскадрильи в виде полосы на фюзеляже или бортового номера (обычно 10). Начиная с Курской Битвы, можно было наблюдать Ла-5 с диагональной полосой на фюзеляже или с окрашенной в контрастный цвет законцовкой вертикального оперения. Довольно редкое обозначение использовалось на самолетах 88 ГИАП — диагональная желтая молния на вертикальном оперении. В начале Курской Битвы преимущественно использовались обозначения в виде окрашенных в белый цвет коков винтов или передних кромок капота, которые иногда дополнялись границей в виде тонкой красной линии (88 и 5 ГИАП, причем для последнего такая маркировка самолетов сохранялась до конца войны). Некоторые считают, что советские техники делали это, чтобы визуально уменьшить массивную носовую часть Ла-5. Но более вероятной причиной была необходимость усилить различия между Ла-5 и немецким FW-190, особенно при виде спереди. Слишком много советских пилотов поплатилось своими жизнями из-за сходства их Лавочкиных с истребителями противника. Позднее окрашенные в красный цвет передние кромки капота (а иногда и весь капот целиком) использовались почти всеми полками, вооруженными Ла-5 и даже более новыми Ла-7. Некоторые полки использовали в качестве собственных обозначений изображения молнии на борту Ла-5 (к примеру, 31 ИАП). В пределах полка, чтобы различать самолеты из различных эскадрилий, обычно практиковали окраску коков винтов в разные цвета. Но в большинстве подразделений от этого вскоре отказались из-за частого перемещения самолетов между эскадрильями в пределах полка.
Во второй половине войны советские пилоты, особенно асы, стали использовать индивидуальные эмблемы, что стало весьма распространенной практикой. На самолетах стали появляться изображения животных (тигров, львов, орлов и т. п.), орденов и медалей, гвардейских эмблем и различных значков типа сердца и т. п. В советских ВВС победы обычно отмечали изображениями маленьких звездочек, имевших красный, красный с белой окантовкой или белый цвет. Гораздо реже встречались звездочки желтого или голубого цвета. Обычно отметки индивидуальных побед отличались от отметок побед, одержанных в группе.