Именно в отчем доме Нильс и Харальд сделали свои первые шаги в интеллектуальной жизни. К их отцу часто приходили профессор физики Кристиан Кристиансен (1843-1917), философ Харальд Хёффдинг (1834-1931) и лингвист Вильгельм Томсен (1842-1927), чтобы в неформальной обстановке обсудить самые разные темы. Обоим братьям разрешалось присутствовать при этих разговорах и даже участвовать в них, задавать вопросы и критиковать. Так укрепились некоторые свойства научной работы Бора: его страсть идти до конца, его стремление учитывать максимально возможное число точек зрения и не оставлять нерешенных задач.
В 1903 году Нильс поступил в Копенгагенский университет, чтобы изучать физику, хотя этот предмет был не единственным его увлечением в студенческие годы. Вместе с братом и дюжиной приятелей, получавших самое разнообразное образование, они создали философский клуб «Эклиптика», в некоторой степени воспроизводивший виденное ими дома. Это был междисциплинарный клуб, где молодые люди обсуждали различные серьезные научные вопросы в неформальной дружеской обстановке. На этих собраниях проявилась еще одна черта Бора: сосредоточившись на конкретной проблеме, он говорил все тише, пока не переходил на шепот. (Нильс Бор едва различал процессы мышления и говорения, так что очень часто его слова были почти неслышны.) Из этого клуба со временем вышли профессор филологии, профессор психологии, три директора национальных музеев, директор Института геодезии, экономисты и один посол Дании.