Узнав о поведении Австрии, Павел I был крайне возмущён. Разорвал союз с ней, приказал войскам Суворова возвращаться домой. Но ведь и с французами надо было что-то решать. У царя возник новый план. Собрать на западной границе две или три армии. Если французы полезут на Германию, выступить на них вместе с Пруссией. А если будут громить Австрию, то и она одумается, можно будет возобновить с ней союз. Возглавить одну из армий должен был Кутузов. Чтобы готовить её, царь назначил Михаила Илларионовича военным губернатором Литвы. Заодно произвёл его в шефы Псковского мушкетёрского полка. Мы уже говорили, что эта должность была почётная. Не командир полка, а как бы его опекун. И ещё по дороге, не успев добраться до России, Кутузов получил приказ – ехать не в Петербург, а в Литву.
В январе 1800 года он прибыл в столицу Литвы Вильно (сейчас Вильнюс). С ходу пришлось впрягаться в работу. А её было непочатый край. Нужно было объехать расположенные здесь войска. Проверить, в каком они состоянии, в чём нуждаются. Суворов на обратном пути тяжело заболел. Его полки, герои сражений в Италии и в Альпах, после марша через всю Европу направлялись в Литву к Кутузову. Их надо было размещать, кормить. Обеспечить одеждой и обувью взамен износившихся. Лечить больных, пополнить полки новобранцами, подобрать офицеров на места убитых и раненых.
Кроме того, царь поручил Кутузову наладить охрану границы, как он уже сделал в Финляндии. Здесь контрабанда была вообще бедствием. Местные жители в обход таможни, без всяких пошлин, вовсю возили товары из России в Пруссию и обратно. Торговали ими на базарах. Михаил Илларионович опять использовал казаков. Изучил границу. Разделил на участки между имевшимися у него казачьими полками. Составил расписание кордонов, обозначив места для застав и постов. Командирам полков приказал расставить казаков по этим пунктам. А если они найдут какие-то пропущенные важные места и селения, то и их занять казаками «по собственному рассмотрению». Дороги для контрабандистов перекрыли.
Семья Кутузова оставалась в Петербурге, выросшим дочкам уже мужей подыскивали. Михаил Илларионович в письмах родным жаловался, что дел стало гораздо больше, чем в Финляндии. За всякими бумагами приходилось просиживать целыми днями. А ко всему прочему губернатор был большим начальником. Его постоянно приглашали на балы, пиры, торжества по разным поводам. Кутузов сокрушался: «Для меня очень шумно». «Мне бы весело в маленькой компании, в 6 часов выйти и в 10 спать лечь, а здесь должен сидеть за ужином, без этого обижаются. И если я куда не поеду, то никто не поедет. Мне это не здорово и не весело. Впрочем, есть люди приятные, и много».
А в Петербурге в мае 1800 года умер Суворов. Михаил Илларионович глубоко сожалел о нём. Ну а царь задумался: кого же теперь назначить главнокомандующим в будущей войне? Армии собирали и готовили два военачальника, два его любимца. Губернатор Петербурга Пален и губернатор Литвы Кутузов. Пален тоже отличился в двух турецких войнах, получил ордена Святого Георгия за штурмы Бендер и Очакова. К тому же он постоянно был рядом с Павлом I, как самый верный помощник. Хотя человеком был совсем не честным. Он не постеснялся напоследок оклеветать Суворова, настраивал государя против него.
Император решил проверить войска и оценить, кто же из двух генералов лучше. Назначил в сентябре 1800 года большие манёвры возле Гатчины. Заранее вызвал туда Кутузова. Половиной собранных полков должен был командовать он, другой – Пален. Колонны пехоты и конницы разошлись в разные стороны на исходные позиции. Началось учебное сражение. Павлу всё же ближе был Пален, царь находился с его армией. Осматривал поле боя через подзорную трубу, и вдруг увидел – Кутузов выбрал свой командный пункт в стороне, далеко от войск. С ним было только несколько адъютантов и казаков.
Павел загорелся: сейчас он сам блеснёт и полководца проучит! В плен его захватит! Позвал эскадрон гусар, велел им быть «тише воды ниже травы» и повёл в обход, вокруг леса. По дороге удивлялся, вот так Кутузов! Какую грубую оплошность допустил, не позаботился о собственной безопасности! Лесок обогнули, царь остановил гусар. Ещё раз прокрался в кустах, всматривался через трубу. А Кутузов уже и всех адъютантов разослал с разными приказаниями. Вот и последний казак куда-то от него поскакал, он вообще один остался. Торжествующий Павел крикнул: «За мно-ой!» Помчался к Михаилу Илларионовичу. За ним эскадрон.