Согласно немецким источникам[821], накануне взлета их авиации с переполненных аэродромов вокруг Харькова радарные станции противовоздушной обороны аэродромной сети типа «Фрейя» и «Вюрцбург» выявили приближение 400–500 советских самолетов (нем. Freya, Würzburg, радарные системы тактического радиуса действия – дальность обнаружения групповых целей от 130 до 150 км). Это означало прямую угрозу потерять основную массу боевых машин при взлете и на земле, тем более по плану первыми должны были подняться в воздух бомбардировочные и штурмовые соединения. Однако, благодаря оперативным и профессионально грамотным действиям двух истребительных эскадрилий (JG-3 и JG-52 (нем. Jagdgeschwader) – всего около 200 боевых машин под командованием полковника Вольфа Вильке (Wolf-Dietrich Wilcke) и подполковника Дитера Храбака (Dieter Hrabak)), а также сил наземной противовоздушной обороны, советский налет был отражен, уничтожено около 120 вражеских истребителей, бомбардировщиков и штурмовиков, вследствие чего временно обеспечено полное господство в воздухе в секторе 8-го авиационного корпуса.
Среди наиболее отличившихся истребителей были пилоты эскадры JG-3 майор Курт Брендле (Kurt Braendle), оберлейтенант Йоахим Киршнер (Joachim Kirschner), фельдфебель Ганс Грюнберг (Hans Gruenberg) и другие, которым якобы удалось повредить и уничтожить 27 советских самолетов (при этом Грюнберг поразил 4 самолета-штурмовика), тогда как собственные потери эскадры составили всего одну машину[822]. За отражением налета лично наблюдал начальник Генерального штаба ВВС Германии генерал Йешоннек, находившийся на командном пункте 8-го авиационного корпуса вместе с генералом Зайдеманом.
По другим данным[823], потери 2-й и 17-й воздушных армий за утро 5 июля составили всего около 50 самолетов (в том числе 33 самолета-штурмовика, включая небоевые потери). Тем не менее, задействовав значительные силы для налетов на вражеские аэродромы, советские воздушные армии опоздали с нанесением ударов по наступавшим наземным группировкам противника, так что войска Воронежского фронта вплоть до 9 часов утра 5 июля оборонялись вообще без поддержки своей ударной авиации[824]. По этой же причине истребители 4-го и 5-го истребительных авиационных корпусов 2-й воздушной армии, которыми командовали генералы Иван Подгорный и Иван Климов, оказались связаны выполнением задач по блокировке вражеских аэродромов, а также отсечению истребителей противника от своих ударных самолетов, поэтому приступили к прикрытию наземных войск только около 6 часов утра, то есть через час после начала наступления противника[825]. В то же время на Центральном фронте командование 16-й воздушной армии хотя и не задействовало части для авиационной контрподготовки, но зато с самого начала сражения распылило силы для прикрытия как можно большей площади в тактической зоне обороны фронта.
В итоге, несмотря на количественное превосходство советской авиации, прежде всего многократное преимущество по самолетам-истребителям, в начале сражения в воздухе господствовали германские истребители и бомбардировщики[826]. Немецкие самолеты тактической поддержки сухопутных войск совершали до шести вылетов в день[827]. По данным советского фронтового командования, в течение 5 июля немецкая авиация совершила на южном фасе Курского выступа свыше 3100, а на северном фасе – свыше 2200 самолетовылетов, нанося удары на главных направлениях по всей глубине тактической зоны обороны Воронежского и Центрального фронтов[828].