Ширшову для его штаба выделили два номера в гостинице «Москва» и служебный вагон. Потекли дни напряженной и беспокойной работы. Петр Петрович обосновался в служебном вагоне — он считал, что более оперативно сможет выполнять задания ГКО, находясь в самых «горячих» точках. Он следил за движением поездов с востока на запад с воинскими частями и военной техникой, а с запада на восток — с эвакуированными жителями Москвы и соседних областей, заводским оборудованием и научным оснащением институтов, музейными ценностями. Он также координировал продвижение особо срочных эшелонов, помогал расшивать «пробки» из поездных составов, скопившихся на отдельных станциях на подведомственных ему пяти восточных дорогах и срочно ликвидировать последствия вражеских бомбардировок станций и железнодорожных путей. Его вагон видели и в Горьком, и в Перми, и на других железнодорожных станциях. Он срочно выезжал туда по первому же тревожному сигналу, чтобы скорее разобраться на месте в причинах огромного скопления составов и скорее отправить их по назначению. В ноябре — декабре, когда шли решающие бои на подступах к Москве, день и ночь слились воедино.
Ширшов по нескольку суток находился без сна, проводя долгие часы у телефонов или в Наркомате путей сообщения. Шли упорные бои на разных направлениях — под Калининой, Дмитровом, Волоколамском, Можайском, Серпуховом, Тулой. Из Сибири и с Урала на Московский железнодорожный узел приходили эшелоны с резервными воинскими частями и без промедления перебрасывались к местам боев. Из Ставки Верховного Главнокомандующего шли приказы и директивы, требующие от железнодорожников немедленного их исполнения, и Ширшов внимательно следил, чтобы они выполнялись точно в требуемый срок, а если возникали задержки, немедленно выезжал на место и принимал меры к их ликвидации.
Особенно запомнились дни 5 и 6 декабря, когда началось генеральное наступление советских войск, защищавших столицу, и без того высокие темпы воинских перевозок возросли еще больше.
С напряженным вниманием и затаив дыхание Петр Петрович и его помощники слушали 13 декабря сообщение по радио Совинформбюро о первых итогах контрнаступления под Москвой. И когда замолк репродуктор, Ширшов радостно воскликнул:
— Дорогие друзья! Поздравляю с замечательной победой! Столица спасена. И хотя нас с вами не было среди бойцов, что сражались с врагом на фронтах, но в эту победу и мы вложили свою долю, пусть небольшую, но все же личную долю труда. Не будем сидеть теперь сложа руки. Бои продолжаются. Нашим армиям нужны как воздух новые подкрепления людьми и военной техникой. Так давайте же будем работать еще упорнее, еще быстрее! За работу!
Народный комиссар — министр морского флота
Конец 1941 года был ознаменован крупной победой советских войск над немецко-фашистскими захватчиками: в боях на подступах к Москве вражеские армии были разгромлены и отброшены, планы гитлеровского командования захвата столицы нашей Родины сорваны, непосредственная опасность, нависшая над Москвой, ликвидирована. К этому времени планы эвакуации из Москвы женщин и детей, предприятий, научных и культурных ценностей были выполнены. Железные дороги и речной транспорт успешно справились с этим заданием Государственного Комитета Обороны СССР. Усилились с востока на запад грузопотоки вооружения и боеприпасов, перевозки воинских частей. Ширшов, читая ежедневные сводки с пяти железных дорог восточного направления, с удовлетворением отмечал, что железнодорожники выполнили труднейший экзамен, выстояли и с честью преодолели тяжелейшие испытания, связанные с войной.
Петр Петрович решил, что теперь он имеет право вновь поднять вопрос об отправке его на фронт. Вражеские армии захватили Украину, двигаются к Волге, к горам Кавказа. Ширшов вновь пишет письмо с просьбой назначить его комиссаром танковой дивизии. Но в феврале 1942 года Петра Петровича назначают народным комиссаром морского флота.
Аппарат наркомата был эвакуирован в Астрахань, а в Москве оставалась небольшая оперативная группа для связи с правительственными учреждениями. Ширшов получил от нее информацию о положении дел в торговом флоте. Правда, многое Петр Петрович уже знал раньше, но он хотел иметь полную картину, чтобы лучше знать, с чего начинать и в каком направлении действовать.
Торговый флот в первые месяцы войны понес большой урон: одни суда были потоплены, другие заблокированы неприятелем. Часть судов мобилизована в военно-морской флот, а с судами ушли и кадры моряков. Ворота во внешний мир из Черного и Балтийского морей оказались наглухо закрытыми, резко сократились коммерческие перевозки. Торговый флот работал преимущественно на перевозках воинских частей и военных грузов. Связи с внешним миром осуществлялись через порты Севера (Мурманск и Архангельск) и Дальнего Востока. Но на путях к северным портам действовали вражеские подводные и надводные военные суда и авиация, а в Дальневосточном бассейне — японские военные корабли.