Афродита родила Энея на горе Ида в окрестностях Трои (по другой версии – на берегу реки Симоент) и отдала на воспитание горным нимфам; когда ему исполнилось пять лет, нимфы передали мальчика его отцу. Как член троянского царского дома (его младщей ветви), юный Эней сопровождал Париса в поездке к спартанскому царю Менелаю, закончившейся похищением прекрасной спартанской царицы Елены.
В начале Троянской войны Эней оставался в Аардании, городе на склоне горы Ида. Хотя он и помог Парису похитить Елену, он пытался сохранить нейтралитет, поскольку не хотел подчиняться Гектору, возглавившему оборону Трои, а также обижался на троянского царя Приама, который, как он считал, относился к нему с пренебрежением. Все изменилось, когда Ахилл устроил набег на Аарданию, захватил стада Энея и перебил пастухов. Эней пытался укрыться в городе Лирнессе, но греки захватили и разграбили и этот город. После этого Эней во главе дарданов выступил на помощь троянцам.
Обороняя от греков Трою, Эней показал себя умелым воином, среди троянцев уступавшим лишь Гектору, плечом к плечу с которым он сражался против врага. Он участвовал в важнейших сражениях, от его руки погибло много греческих героев. Его мать-богиня часто помогала Энею в битве, а однажды, когда Диомед камнем сломал ему бедро, спасла от гибели. Когда же Диомед ранил и ее, поразив копьем в запястье, Аполлон унес Энея с поля боя, чтобы Лето и Артемида смогли его вылечить. Во время поединка Энея с Ахиллом, когда Энею угрожала верная смерть от руки греческого героя, его спас, окутав непроницаемым облаком, Посейдон, который, хотя и относился враждебно к троянцам, уважал предначертания судьбы и знал, что Энею суждено сохранить царский род Дардана. Во время войны Эней женился на троянской царевне Креусе, которая родила ему сына Аскания. Некоторые утверждают, что в последний год войны Эней присоединился к Антенору в требовании выдать грекам Елену и заключить справедливый мир.
Существует несколько версий того, что случилось с Энеем после падения Трои. Согласно одной из них, Афродита предупредила Анхиса и посоветовала ему удалиться на гору Ида еще до падения Трои; вместе с отцом ушел из Трои и Эней, увидев зловещее предзнаменование в гибели Лаокоона. По другому свидетельству, Эней стал пленником и рабом Неоптолема, который увез его в Грецию, а потом держал у себя в ожидании выкупа, который и был внесен дарданами. Рассказывают также, что Эней после падения Трои оборонял ее цитадель и в конце концов ему удалось договориться с греками, после чего он покинул горящий город. Агамемнон, видя, как Эней взвалил на плечи престарелого Анхиса и понес его, не оглядываясь, к Дарданским воротам, приказал, чтобы этого благочестивого сына никто не трогал.
По наиболее распространенной версии, Эней и несколько его соратников отчаянно и безуспешно пытались оказать сопротивление грекам на улицах пылающей Трои. Эней был свидетелем смерти Приама и торжества Неоптолема в царском дворце. Он вернулся в свой дом и под влиянием своей божественной матери, а также совета, полученного от тени Гектора, которого он видел во сне прошлой ночью, решил бежать из города, прихватив с собой все, что сможет. Анхис вначале не хотел покидать Трою, но знамения – мощный удар грома, а также пламя над головой Аскания, которое не могла погасить вода, – заставили его изменить свое решение. Эней собрал всю семью и нескольких преданных ему людей и вместе с ними покинул город, неся на плечах отца и ведя за руку сына, при этом Анхис держал в руках палладий, домашние пенаты и священные сосуды. Последней шла Креуса, которая в темноте и дыме отстала и потерялась. Когда, оставив отца и сына в святилище Деметры, Эней бросился на поиски жены, ему внезапно явился призрак Креусы. Призрак сообщил ему, что Креуса теперь находится под покровительством Великой матери Кибелы, и велел ее больше не искать, а затем, как утверждают некоторые, предсказал, что Энею суждено после долгих странствий найти новую родину в Италии.