Размышляя так, генерал Поляков пришел к выводу, что не следует все же давать правдивые показания, но и нагло лгать и изворачиваться не надо. «Я должен преподносить себя как преданного делу партии и правительства человека, ратующего за справедливость и приверженность социал-демократическим принципам. Буду доказывать следователю, а потом и суду, что я не враг России, а патриот, который все годы пребывания за рубежом отстаивал ее интересы. Я должен выдавать себя за борца с тоталитаризмом и хрущевщиной, доказывать, что я такой же демократ, как и генсек Горбачев, и, таким образом, направить следственный процесс в политическое русло…»
Допрос арестованного генерала Полякова начал вести один из опытнейших следователей, профессионал высшей категории, имевший уже множество раскрытых преступлений и награжденный двумя орденами Красной Звезды, заместитель начальника второго отдела Следственного управления КГБ СССР полковник Жучков Анатолий Гаврилович. В первый же день допросов Поляков стал придерживаться заранее избранной им тактики поведения: он признался в предъявленном обвинении в самом общем виде. Следствию нужно было его признание, и оно получило его. «А дальше, — решил генерал, — пусть следователь подкрепляет предъявленное обвинение имеющимися в его распоряжении фактами и доказательствами. И тогда настанет «момент истины» и выяснится, чем же в действительности располагает следствие». Поэтому Поляков и заявил о своей готовности к сотрудничеству в рамках обвинения по статье 218 УК РСФСР. Тем самым Поляков посчитал, что это позволит ему еще раз внимательно обдумать складывающуюся ситуацию, выработать тактику поведения и обстоятельно сформулировать свои показания.
Так начался поединок, который по напряженности и степени значимости был сродни шахматной партии высочайшего уровня. В дебюте обе стороны отмобилизовывали свои силы и осуществляли маневрирование, готовясь к непосредственному столкновению в надежде найти уязвимые места в защитном построении противника.
На четвертый день допросов полковник Жучков, за которым продолжали оставаться прямые обязанности по контролю работы следователей его отдела, поставил перед руководством управления вопрос об отстранении его от дальнейшего следствия по делу Полякова. Это было связано с тем обстоятельством, что разоблачение такого матерого шпиона, установление мотивов его предательства и определение объема выданных им сведений требовало много времени и выдвигало на первый план нерешенную за истекшие шесть лет разработки Дипломата задачу по получению изобличающих его доказательств. Их отсутствие не только не способствовало формированию внутреннего убеждения у следователя, но и грозило свести на нет все предпринимаемые усилия по разоблачению шпиона. Опереться же следствию в этой ситуации было не на что, и поэтому вся работа должна была начинаться с чистого листа, на страх и риск следователя. Контрразведка же в лице Третьего главного управления добилась лишь одного — возбуждения на основе ДОР уголовного дела. Проблемы, трудности и ответственность за исход были переложены на плечи следствия.
К сожалению, в то время в Следственном управлении не занятых расследованием уголовных дел сотрудников требуемой квалификации не оказалось. Это объяснялось тем, что в тот период многие ветераны уходили на пенсию, а им на смену пришла неопытная молодежь. Не хватало людей и для подготовки новых высокопрофессиональных кадров. Да еще, как на грех, именно в тот период контрразведка органов госбезопасности выявила много агентов иностранных спецслужб из числа советских граждан. Поэтому и не хватало следователей. Для более ускоренного получения доказательств шпионской деятельности по расследуемым делам, конечно, не помешали бы аналитические материалы о разведках ведущих капиталистических стран, об использовании ими форм и методов вербовки и поддержания связи, а также о допущенных типичных ошибках при выявлении и разработке вражеской агентуры. Но их в то время не было. Отсутствие же в структуре КГБ единого аналитического центра о деятельности иностранных разведок отрицательно сказывалось и на сроках, и на результатах следственной работы в целом.
Ранее полученные материалы оперативных и следственных подразделений по делам об измене Родине в форме шпионажа в отношении майора ГРУ Филатова, оперуполномоченного КГБ Армянской ССР прапорщика Григоряна, третьего секретаря посольства СССР в Колумбии Огородника, сотрудника Управления «Т» ПГУ КГБ СССР подполковника Ветрова, офицера ГРУ старшего лейтенанта Иванова и научного сотрудника НИИ Госкомитета по гидрометеорологии Павлова хранились мертвым грузом в архивах разных оперативных подразделений, которые, как «собака на сене», держали его под спудом. Не находили применения эти материалы и в учебном процессе Высшей школы КГБ СССР имени Дзержинского, где в течение многих десятилетий подготовка будущих контрразведчиков и следователей осуществлялась только на уголовном деле Пеньковского.