После прихода кораблей из Таллина воздушная разведка противника стала более активно «просматривать» главную базу Балтийского флота. Однако корабли хоть и попадали под бомбежку, но это были скорее случайные атаки. Германская авиация пока не рассматривала угрозы от советских кораблей. Однако вскоре активные действия корабельной артиллерии главного калибра по сухопутным позициям германской армии заставили командование вермахта изменить свое мнение. С 14 сентября линкор «Марат», стоявший у входа в закрытую часть Морского канала, стал подвергаться артиллерийскому обстрелу сухопутной артиллерии. Причем 16 сентября один из снарядов угодил в автоматную площадку и вывел из строя сразу три зенитных орудия 70-К. В этот же день «Марат» атаковали пикирующие бомбардировщики и группу, заходившую с кормы удалось рассеять, но заходившие с других углов не встретили должного отпора. В результате две 250-килограммовые бомбы попали в правый шкафут. Повреждения были серьезными, но корабль своим ходом перешел в Кронштадт и встал у стенки Усть-Рогатки для исправления повреждений.
Германское командование решило уничтожить наши корабли, стоявшие в Кронштадте, не дожидаясь падения Ленинграда. Первый разведывательно-боевой налет на Кронштадт состоялся 19 сентября. Две бомбы упали в районе Июльской улицы и Летнего сада, но серьезных повреждений это не вызвало. Корабли не пострадали, но, по мнению авторитетного историка А.В. Платонова, это обстоятельство подтвердило ошибочное «мнение командования флота, что Кронштадт находится в относительной безопасности, тем более один самолет Не111Р-4 был поврежден»[510].
В этот день немцам удалось раскрыть систему ПВО Кронштадта, и они решили провести массированный налет на корабли.
21 сентября в 11.40 начался первый налет на Кронштадт. В первом ударе посты наблюдения и связи зафиксировали 28 Ju88, семь Ju87 и десять Me 109. Сначала немецкие самолеты летели уже ставшим привычным маршрутом через Стрельну на Ленинград. Но в этот день они изменили курс и сходу атаковали корабли на Кронштадтском рейде и сам город. Самолеты подходили к району цели на высоте 1500–3000 метров. При входе в зону огня зенитной артиллерии строй рассыпался на группы, которые над объектами атаки выстраивались в так называемую «карусель» и по одному или попарно пикировали на цель. Всего в первом налете сбросили более 160 бомб различных калибров, из которых около 120 предназначались именно кораблям.
Второй налет начался в 15.31, и в нем, по данным ВНОС, участвовало 42 Ju88 и восемь Ме109, третий налет – 35 Ju88 и в четвертом – 46 Ju88.
Советские истребители, охранявшие небо Кронштадта, были связаны боем с германскими самолетами прикрытия, поэтому вся тяжесть отражения этих атак легла на зенитные батареи, которыми командовал начальник ПВО КБФ полковник М.П. Поздняков. К сожалению, командование флота оказалось не готово к таким мощным атакам. «В условиях массированного налета с „проламыванием“ системы ПВО в узком секторе, не то что командир полка, но и командиры дивизионов не могли централизованно управлять подчиненными силами, и батареи самостоятельно выбирали цели для обстрела. В результате многие самолеты противника вообще действовали без противодействия» [511].
Линкор «Октябрьская революция», стоявший на Петергофском рейде, уже в 11.25 получил три попадания и вынужден был уйти с огневой позиции на Малый Кронштадтский рейд. Чуть позже мощной атаке десяти самолетов подвергся эсминец «Стерегущий»: три бомбы попали в корабль, и еще три разорвались на расстоянии всего от одного до пяти метров от корпуса. В результате через 15 минут корабль лег на левый борт и затонул. Повреждения различной тяжести получили крейсер «Киров», минный заградитель «Марти» (бывш. императорская яхта «Штандарт»), эсминцы «Гордый» и «Славный», канонерская лодка «Пионер». Было потоплено еще несколько кораблей. Пострадал и сам Кронштадт. Несколько 500-килограммовых бомб попало в Морской госпиталь, разрушив приемный покой и терапевтическое отделение. При этом погибли 53 человека, 58 получили ранения. В память о погибших врачах и медсестрах в вестибюле госпиталя установили мемориальную доску с их фамилиями.
Но о госпитале надо сказать отдельное слово – он всю войну продолжал работать. Так, за первые шесть первых месяцев войны в Морской госпиталь поступило 6500 раненых, а в 1942-м к ним прибавилось около 2000 больных дистрофией. Всего за время войны через Морской госпиталь прошло около 39 000 раненых и больных, и 94 % из них медики вернули в строй. 17 июля 1942 г. Указом Президиума Верховного Совета СССР Кронштадтский госпиталь награжден орденом Ленина «За образцовое выполнение заданий командования в борьбе с немецко-фашистскими захватчиками и проявленные при этом мужество и отвагу».