Кромвель изменил тактику. Теперь он запрещал грабить, щадил местных жителей, даровал жизнь покорившимся гарнизонам. Он миловал даже католическое духовенство. Лордам Ормонду и Инчикуину, командирам неприятельских войск, он разрешил беспрепятственно покинуть Ирландию и отплыть на континент (в любую страну, кроме Англии, Уэльса и Шотландии, говорилось в прокламации). Но борьба усиливалась. Правитель Килькен-ни, от которого Кромвель потребовал сдачи крепости, ответил, что скорее умрет со всем своим гарнизоном, чем уступит.
Приходилось прибегать к хитрости. В марте осаждали небольшую крепость Гауран в Лейнстере. На предложение сдаться комендант ответил отказом. Кромвель начал орудийный огонь, и после двух дней разрушительной канонады комендант согласился сдать крепость на определенных условиях. Ему было предложено сдаться без подписания договора «на милость победителя». Крепость капитулировала, а на следующий день все офицеры поголовно были расстреляны, католический священник повешен.
За все это ирландцы мстили как умели. Защитники крепости Клонмель, которую англичане осаждали в апреле — мае, сразу за крепостными стенами вдоль линии огня вырыли глубокие рвы, за ними навалили гигантские баррикады из камня и на них поставили пушки. И здесь, как во многих других местах, не обошлось без предателя. Некто Феннел, подкупленный Кромвелем за пятьсот фунтов, должен был в полночь открыть ворота английским солдатам. Заговор, однако, был раскрыт, и солдаты Кромвеля, около пятисот человек, которые вошли в полночь, как и было условлено, в крепость, были все до одного перерезаны. 17 мая, после того, как во внешней стене был». пробита достаточно большая брешь, Кромвель дал сигнал к атаке. Но когда английские пехотинцы с пением псалмов прорвались за стену, пушки, спрятанные за баррикадой, ударили по ним страшным огнем, и свыше двух тысяч их полегло в узком коридоре между стеной и баррикадой. Кромвель тщетно ждал, сидя на коне, у главных ворот. Они не открывались. Поняв, в чем дело, он был рассержен как никогда. Он приказал повторить штурм, на этот раз пустив в дело свою конницу, и снова сотни солдат полегли, а крепость все еще держалась. Пришлось отступить. Наутро к осаждающим вышел мэр города с предложением сдать крепость. Кромвель потребовал выдачи всего оружия и амуниции и обещал пощадить мирных жителей, сохранить их права и оградить имущество от разграбления. Условия были подписаны, и к полудню он вошел в город. Но город был пуст: весь гарнизон и многие жители под покровом ночи покинули Клонмель. Кромвеля одурачили.
Думать о возмездии было, однако, уже поздно. 9 апреля Государственный совет выпустил приказ о возвращении Кромвеля в Англию. Его ждало новое поле битвы: на этот раз на севере, в Шотландии. Корабль «Президент» был послан за ним из Бристоля, и 26 мая завоеватель покинул берега «Зеленого острова», вверив дело дальнейшего его покорения Айртону. Девять с половиной месяцев кровавого покорения Ирландии были позади.
Но долго еще будет литься кровь в лесах и горах, в полях и городах Ирландии; долго еще будут греметь английские пушки под стенами ирландских крепостей, и разрушать, разрушать эти стены сотнями сотрясающих землю ударов. Долго еще будут гореть взаимной ненавистью сердца англичан и ирландцев, протестантов и католиков, поработителей и повстанцев. Айртону эта война будет стоить жизни: укрощая свободолюбивый народ, борясь с голодом и эпидемиями в своем войске, он умрет от чумы, так и не попав домой, к жене Бриджет, урожденной Кромвель. И только через два долгих года страна будет покорена, последняя крепость падет, и новый лейтенант-генерал, Чарльз Флитвуд, заменивший Айртона не только в Ирландии, но и в сердце Бриджет, будет торжествовать победу.
Ирландцам эта война на долгие века принесет порабощение, зависимость от Англии. Страна лежала в развалинах. Треть ее населения погибла, тысячи жителей покинули ее, ища счастья на континенте или за океаном. Тысячи были проданы в рабство. Экономическое развитие ее надолго затормозилось, политически она стала бесправна. Согласно «Акту об устроении Ирландии», принятому Долгим парламентом в 1652 году, все, кто принимал участие в борьбе против англичан, лишались земли и имущества и изгонялись из страны либо переселялись в бесплодные западные районы острова. Многие города и целые провинции были полностью «очищены» от ирландцев.