Несмотря на эти голландские военные успехи, правительство США стремилось произвести впечатление, будто оно поддерживает антиколониальное движение в третьем мире, а потому заставило голландцев отказаться от Голландской Новой Гвинеи. Дабы, что называется сохранить лицо, голландцам позволили уступить территорию не напрямую Индонезии, а передать ООН, которая семь месяцев спустя возложила административный контроль (но не фактическое владение) на Индонезию – при условии проведения плебисцита среди местного населения. Индонезийское правительство приступило к реализации программы массового переселения из других провинций, отчасти ради того, чтобы обеспечить большинство «сторонних» индонезийцев на новообретенной Новой Гвинее. Через семь лет специально отобранные лидеры Новой Гвинеи принудительно проголосовали за включение бывшей Голландской Новой Гвинеи в состав Индонезии. Те местные жители, кто добивался еще недавно независимости от Нидерландов, затеяли партизанскую кампанию за независимость от Индонезии – и борьба продолжается по сей день, хотя минуло уже более полувека.
В другом отношении желание Сукарно претворить антиколониальную риторику в конкретные дела вылились в притязания на часть Малайзии, которая сама представляла собой группу бывших британских колоний. Малайзия объединила квазигосударства Малайского полуострова на азиатском материке, получившие независимость в 1957 году, а также две бывшие британские колонии (Сабах и Саравак) на острове Борнео – последний она делила с Индонезией и с Брунеем. Сабах и Саравак присоединились к независимой Малайзии в 1963 году. Если индонезийские претензии на Голландскую Новую Гвинею Сукарно обосновывал тем, что это была ранее часть Голландской Ост-Индии, то применительно к малайскому Борнео такой предлог не годился. Тем не менее, воодушевленный обретением Новой Гвинеи, Сукарно приступил, как он сам говорил, к «конфронтации» с Малайзией в 1962 году, которая ознаменовалась военными операциями на Борнео в следующем году. Но население малайского Борнео не выказывало ни малейшего желания присоединяться к Индонезии, а войска Великобритании и Британского Содружества наций настолько успешно оборонялись, что индонезийская армия утратила стимул к продолжению конфронтации.
В 1960-х годах среди политических сил в Индонезии развернулась ожесточенная трехсторонняя схватка за власть. Одну силу олицетворял Сукарно, харизматический лидер и опытный политик, который пользовался широкой поддержкой индонезийцев, почитавших его как «отца независимости» страны и как первого и (пока) единственного ее президента. Второй силой была армия, которая монополизировала военную составляющую государственной власти, а третьей силой выступала индонезийская коммунистическая партия (PKI – Partai Komunis Indonesia): лишенная военной мощи, она, тем не менее, являлась, безусловно, наиболее крепкой и организованной политической организацией страны.
Ни одна из этих трех сил не была едина внутри себя, в каждой существовали разные точки зрения. «Управляемая демократия» вроде бы опиралась на альянс между президентом и армией, но сам Сукарно все чаще и активнее сотрудничал с PKI, в которой усматривал противовес влиянию армии на общество. Китайские индонезийцы настолько всерьез обеспокоились нарастанием антикитайских настроений в Индонезии, что многие из них решили вернуться в Китай. При этом Индонезия одновременно укрепляла союз с Китаем и объявила, что вскоре создаст по примеру Китая собственную атомную бомбу – что изрядно напугало США и Великобританию. В армии наблюдался разброд и соперничество между сторонниками Сукарно, теми, кто сочувствовал коммунистам, и теми офицерами, кому хотелось, чтобы вооруженные силы покончили с PKI. Армейские чины проникали в партию – а партийные лазутчики, в свою очередь, проникали в армию. Чтобы ликвидировать свою слабость в военном отношении, PKI в 1965 году, при поддержке Сукарно, предложила вооружить крестьян и рабочих – якобы для того, чтобы у страны появился пятый род вооруженных сил, наряду с армией, флотом, ВВС и полицией. Напуганные офицеры-антикоммунисты, как считается, спешно учредили так называемый совет генералов, которому поручили принять меры против растущей коммунистической угрозы.