Но пока бакуфу и крупные феодалы пытались наращивать силы, в Японии быстро накапливались проблемы, порожденные именно контактами с Западом. Бакуфу и прочие феодалы сильно задолжали иностранным кредиторам вследствие обильных расходов на закупку оружия и отправку японцев за границу. Потребительские цены и прожиточный минимум в стране выросли. Множество самураев (сословие воинов) и торговцев выражало недовольство стремлением бакуфу монополизировать внешнюю торговлю. Вспоминая, как сёгун просил совета у дайме после первого прибытия коммодора Перри, некоторые дайме желали большего участия в политике и планировании, они не намеревались оставлять все это на усмотрение сёгуна, как было раньше. Да, именно сёгун договаривался и подписывал соглашения с западными державами, но он не имел возможности контролировать дайме, нарушавших эти договоры.
В результате образовалось сразу несколько пересекающихся «зон напряженности». Западные державы требовали от Японии максимального открытия страны: они хотели большего, а Япония всячески добивалась меньшего. Княжества наподобие Сацума и Тесю, традиционно враждовавшие с бакуфу, теперь намеренно усугубляли конфликт, и каждая из сторон старалась использовать западное снаряжение и знания против другой. Обострялись и противоречия между княжествами. Более того, возникли распри между бакуфу и номинальным императором, от имени которого бакуфу якобы действовало. Так, императорский суд отказался утвердить договор 1858 года с США, но бакуфу все равно подписало этот документ.
Наиболее острый конфликт внутри Японии определялся японской стратегической дилеммой: пытаться ли сопротивляться и затевать войну против чужестранцев прямо сейчас – или дождаться, когда Япония станет сильнее. Подписание «неравноправных» договоров вызвало негативную реакцию: общество гневалось на иностранцев, которые опозорили Японию, и на сёгуна и прочих феодалов, которые позволили обесчестить страну. Уже около 1859 года раздраженные, горячие и наивные молодые самураи с мечами начали задумываться об изгнании иностранцев с Японских островов посредством террористической кампании. Эти самураи сделались известными как «Исин Сиси», то есть «люди высокой цели». Взывая к тому, что, по их мнению, было традиционными японскими ценностями, они полагали, что морально превосходят старших политиков.
Следующее изложение принципов «Исин Сиси» от 1861 года отлично передает глубину их раздражения: «Наш император несказанно опечален тем, что наша великолепная, осененная благостью божественного дара страна опозорена варварами, что дух Японии, который ярко пылал с древнейших времен, ныне почти угас… Говорят, что когда унижают твоего господина, слуги должны выбрать смерть. Разве не должны ли мы последовать этому правилу в нынешних обстоятельствах, когда императорской власти грозит несмываемый позор?.. Мы клянемся нашими божествами, что, если императорский стяг взметнется вновь, пройдем через огонь и воду, дабы облегчить мучения императора, дабы исполнить волю нашего бывшего правителя и избавить наш народ от этого зла. Если кто-либо в этом случае посмеет озаботиться личными соображениями, его ждет кара разгневанных богов, и пред лицом товарищей он должен будет совершить харакири».
Терроризм «Исин Сиси» был направлен против иностранцев, но даже чаще страдали японцы, которые сотрудничали или сговаривались с иностранцами. В 1860 году террористам удалось обезглавить регента Ии Наосукэ[47], который ратовал за подписание договоров с западными державами. Нападения на иностранцев вылились в события 1862–1863 годов в княжествах Сацума и Тесю. 14 сентября 1882 года 28-летний английский торговец Чарльз Ричардсон был атакован на дороге мечниками Сацума и истек кровью: он якобы не проявил должного уважения к процессии, в составе которой находился отец дайме Сацума. Великобритания потребовала компенсации и казни преступников, причем не только от Сацума, но и от бакуфу. После почти года безуспешных переговоров с княжеством Сацума британские военные корабли подвергли бомбардировке и уничтожили большую часть Кагосимы, столицы Сацума; погибло, как считается, до 1500 японских воинов. Другой инцидент произошел в конце июня 1863 года, когда береговые орудия княжества Тесю обстреляли западные корабли и не пустили те в пролив Симоносеки, важнейший морской проход между главными японскими островами Хонсю и Кюсю. Год спустя эскадра из 17 британских, французских, американских и голландских военных кораблей подвергла бомбардировке и уничтожила эти береговые батареи, а остальные орудия из Тесю вывезли.
Эти два западных удара убедили даже горячие головы в Сацума и Тесю в необходимости мириться с западным присутствием и тщетности попыток изгнать чужестранцев с островов в текущем слабом состоянии Японии. Все согласились ждать, пока Япония не добьется военного паритета с Западом. По иронии судьбы, это была та самая политика, которой ранее следовало бакуфу – и по которой его свергли.