Индейцев принуждали носить одежду европейского типа, строить и жить в жилищах испанского образца, перенимать испанские обычаи и т. д. Для большего контроля над аборигенами их концентрировали в редукции, находившиеся под наблюдением миссионеров, которые опирались в управлении ими на старост и фискалов из числа местных жителей. Старые строения индейцев, как и их храмы, разрушались испанцами. Редукции размещались в новых местах неподалеку от испанских населенных пунктов. Все это достигалось путем физического принуждения — наказаний, репрессий, угроз.
Важное место в религиозной пропаганде миссионеров занимало строительство католических церквей, часовен, к которому власти привлекали в принудительном порядке почти все без исключения индейское население. Если верить одному источнику XVII в., в начале этого столетия в испанских заморских владениях уже имелось 70 тыс. церквей и часовен и 500 монастырей (Gonzalez Davila С. Teatro de las grandezas de la villa de Madrid. Madrid, 1632, p. VII). Треть расходов по строительству церковных зданий оплачивали индейцы, треть — корона, треть — энкомендеро (Legon F. I. Doctrina у ejercicio del Patronato Nacional. Buenos Aires, 1920, p. 192-193). Епископ Сумаррага и колониальные чиновники в донесениях Карлу V в 1549 г. отмечали, что церковное строительство ложилось тягчайшим бременем на плечи индейского населения. В 1550 г. члены капитула кафедрального собора в Гвадалахаре писали в письме Филиппу II, что если августинцы построят хотя бы еще один монастырь в этой провинции, то там не останется в живых ни одного индейца. В таких же «излишествах» обвинялись францисканцы, доминиканцы и другие монашеские ордены (Ricard R. Op. cit., p. 207-209; Vargas Ugarte R. Op. cit., p. 124-125).
Королевская власть неоднократно призывала церковников избегать излишеств в строительстве церковных зданий, но миссионеры не обращали внимания на королевские указания и «строительная лихорадка» продолжалась весь колониальный период. Как следует из документов эпохи, многие церковные здания, строившиеся в спешке и часто неопытными мастерами, быстро приходили в ветхость, нередко рушились, погребая под обломками прихожан-индейцев (Ibidem).
Во время войны за независимость в некоторых районах Испанской Америки патриоты систематически разрушали монастырские постройки, видя в них символ колониального господства (Arbelaez Camacho C. El vandalismo monumental del siglo XIX en Colombia. Intento de interpretation historica. — «Boletin de Historia у Antiguedades», Bogota, 1968, LV, p. 411-437).
Испанцы полагали, что им приблизительно к середине XVI в. удалось (в особенности в районах, где располагались более развитые индейские общества — в Мексике и Перу) в основном обратить коренное население в христианство. Индейцы были сконцентрированы в поселениях под контролем завоевателей, их древние храмы и предметы культа разрушены, жрецы почти полностью истреблены.
Когда, казалось бы, миссионеры могли торжествовать победу, выяснилось, что индейцы продолжают наряду с практикой христианской религии поклоняться своим прежним божествам. Делали они это тайно, по ночам, в отдаленных от своих селений местах, где были спрятаны «идолы» и другие предметы древних культов.
Херонимо де Мендиета утверждал, что индейцы хранили изображения Христа среди своих «демонических идолов». Монахи заставляли их возводить множество крестов на перекрестках дорог, у входа в селения и на некоторых возвышенностях. Индейцы прятали идолов под или за такими крестами, и, поклоняясь кресту, в действительности поклонялись спрятанным изображениям «демона» (Mendieta G. de. Historia eclesiastica indiana, v. II, p. 233-234). Достаточно было вскрыть несколько подобных случаев «двуличия» индейцев, чтобы оповещенные о них миссионеры повсеместно зафиксировали наличие этого явления, вошедшего в миссиологическую литературу колониального периода под названием «повторной вспышки идолопоклонства».
Возврат индейцев к их прежним верованиям вызвал большую тревогу среди миссионеров и колониальных чиновников. По Индиям прокатилась волна жестоких репрессий, жертвами которых стала в первую очередь индейская знать. Ее лишили тех немногих привилегий, которыми она еще пользовалась. Пойманных с поличным «идолопоклонников» секли розгами, переселяли в другие местности. Для раскрытия «виновных» широко использовались исповедальня и ученики церковных школ, которых миссионеры призывали выдавать родителей, преступивших церковные законы. Особенно сурово власти и духовенство расправлялись со жрецами (колдунами). Первый провинциальный собор в Лиме постановил в 1552 г., что колдуны, прошедшие через обряд крещения и впервые уличенные в колдовских действиях, наказываются 50 ударами розог и стрижкой волос, а уличенные повторно — 100 ударами и тюремным заключением, в третий же раз наказание назначалось по усмотрению епископа (Borges P. Op. cit., p. 452).