По неполным данным, под «опекой» иезуитов к моменту их высылки в испанских владениях Америки находились 717 тыс. индейцев, в том числе в Мексике — 122 тыс., Парагвае — 113 тыс., Перу 55 тыс., Кито — 7588, Новой Гранаде — 6594 человек. Стоимость иезуитской собственности оценивалась в 71483917 серебряных песо — цифра по тем временам огромная (Fred Rippy J.— Historical Evolution of Hispanic America. New York, 1943, p. 100).
Между тем в колониях испанские власти считали бывшие иезуитские миссии возможным очагом индейского неповиновения, в особенности после восстания Тупак Амару II в 1781 г., показавшего, как легко могут подняться на борьбу против колониального угнетения индейцы при наличии смелого и решительного вождя. Поэтому после изгнания иезуитов испанские власти, поручив заботу о душах гуарани другим монашеским орденам, назначили в каждую редукцию по одному светскому чиновнику (коррехидору) для управления мирскими делами индейцев. Кроме того, редукции были разделены между тремя провинциями — Ла-Платой, Парагваем и Уругваем. Значительная часть гуарани пелучила земельные наделы, а многие ремесленники переехали в Буэнос-Айрес и другие города, где могли заработать больше, чем в редукциях. Эти изменения, а также набеги португальцев, длительная война за независимость, ликвидировавшая коррехидоров в редукциях, привели их в упадок, а отнюдь не факт отзыва иезуитов, как утверждают их сторонники.
Во время войны за независимость прославился в борьбе с испанцами индеец Андрее Такуари — Андресильо. Артигас, возглавлявший борьбу за независимость на Восточном берегу (Уругвай), назначил его генерал-капитаном миссий. Андресильо возглавил отряд из 2500 гуарани.
Войной за независимость воспользовались португальцы. Их войска под командованием маркиза де Алегрете и генерала Шогаса вторглись в район миссий и 15 из них сравняли с землей. Андресильо был захвачен в плен и погиб в заточении в Рио-де-Жанейро. В 1828 г. португальцы разрушили еще 7 редукций. К 1835 г. в районе бывших иезуитских владений проживало всего около 5 тыс. гуарани.
Когда об исполнении «Прагматики» доложили Карлу III, он воскликнул: «Я вновь обрел свою империю!» (Lievano Aguirre I. Op. cit., p. 162). Его министры высказали не меньшее удовлетворение. Бывший испанский посланник при папском престоле и министр юстиции Карла III Мануэль де Рода писал министру Людовика XV графу Шуазелю в Париж: «Мы убили сына, теперь нам остается совершить то же самое с его матерью — нашей святой римской церковью» (The Expulsion of the Jesuits from Latin America. New York, 1965, p. 40).
Несколько иной характер носила переписка Карла III и папы римского по этому вопросу. Сообщая Клименту XIII о своем решении упразднить иезуитский орден и переслать под его «непосредственное, святое и мудрое руководство» последователей Лойолы, Карл III писал: «Чтобы скрыть от мира великий скандал, я спрячу в моей груди ужасные преступления, послужившие причиной этого строгого решения. Ваше святейшество должно поверить моему слову: безопасность и спокойствие моего существования требуют от меня самого абсолютного молчания на этот предмет» (Moses B. Spain's Declining Power in South America. New York, 1965, p. 106).
«И ты тоже, сын мой, — жаловался в своем ответе королю Клименту XIII, — и ты, католический король, наполнил чашу наших горестей и толкаешь меня, несчастного старца, к могиле, покрывая трауром и слезами» (Menendez у Pelayo M. Op. cit., p. 486).
Несмотря на слезливый тон, папа римский решительно утверждал, что иезуиты ни в чем не виновны, и предупреждал испанского короля, что не примет их в своих владениях. Действительно, когда первые испанские корабли с изгнанными иезуитами пытались высадить их в Чивитавеккья, то папская береговая артиллерия открыла огонь и иезуитов пришлось высадить на Корсике, откуда они потом перебрались в Геную и Болонью. Папа так и не разрешил им селиться в своих владениях.
Тем временем Испания, Франция и Португалия все настойчивее требовали от «святого отца» официально запретить «Общество Иисуса». Климент XIII и слышать об этом не хотел. Не решаясь осудить «католических» королей за враждебное отношение к последователям Лойолы, он объявил незаконными действия своего самого слабого противника — герцога пармского, тоже запретившего орден.
Глава португальского правительства маркиз Помбал предложил Испании и Франции оккупировать Церковную область и силой заставить Климента XIII распустить «Общество Иисуса». Пока велись об этом переговоры, Франция и Неаполь захватили папские владения, расположенные на их территориях, — Авиньон, Понтекорво и Беневент (Михневич Д. Л. Очерки из истории католической реакции (иезуиты). М., 1955, с. 245).
В начале 1769 г. давление бурбонских дворов на Климента XIII усилилось, и он был вынужден пообещать распустить ненавистный орден. Для этого в Ватикане был назначен на 3 апреля специальный кардинальский консисторий, но накануне папа внезапно скончался, испытывая острые рези в желудке. Ходили упорные слухи, что он был отравлен иезуитами.