Те, кто находится вне послушания и преданности к святой римско-католической церкви, упорствуя в своих ошибках и ересях, всегда стремятся извратить нашу святую католическую веру и отдалить от нее верных и преданных христиан и со свойственными им хитростью, страстью и умением стремятся привлечь их к своим извращенным верованиям, сообщая им свои ложные взгляды и ереси, распространяя и восхваляя различные осужденные и еретические книги. Подлинное же средство спасения заключается в том, чтобы затруднить и совершенно исключить подобную деятельность еретиков и подозреваемых в ереси лиц, наказывая я вырывая с корнем их ошибки, предотвращая и затрудняя нанесение столь великого оскорбления святой веры и католической религии в тех местах и не допуская, чтобы туземцы были извращены новыми, ложными и осужденными доктринами и ошибками. Учитывая сказанное, генеральный апостолический инквизитор наших королевств и владений по решению Совета генеральной инквизиции и нашего согласия приказал и принял меры к тому, чтобы в тех областях был учрежден и начал действовать священный трибунал инквизиции для успокоения нашей королевской совести, а также его
Так инквизиция получила неограниченные права и власть над всеми учреждениями и чиновниками колоний, включая вице-королей, что, конечно, не могло не вызвать их неудовольствия.
Ссылаясь на королевский декрет, инквизиторы требовали, чтобы во время богослужения и других официальных церемоний им отводились самые почетные места, якобы соответствующие их рангу, в то время как вице-король и прочие колониальные чины сами претендовали на эти места. Отсюда — бесконечные жалобы в Мадрид, на которые, как правило, королевская власть не реагировала.
На основании декрета Филиппа II генеральный инквизитор кардинал Диего де Эспиноса учредил два трибунала в американских владениях Испании — в Лиме и Мехико. В 1610 г. был образован такой же трибунал в Картахене — главном порту вице-королевства Новая Гранада. Юрисдикция лимского трибунала распространялась кроме Перу также на Чили, Ла-Плату и Парагвай, картахенского — на Новую Гранаду, включая Венесуэлу, на Панаму, Кубу и Пуэрто-Рико, а трибунала в Мехико — на Новую Испанию и Гватемалу. Каждый из этих трибуналов возглавляли по два инквизитора с соответствующим персоналом следователей, писарей, приставов, палачей и т. д. Персонал инквизиции предварительно проходил тщательную проверку по выяснению «чистоты» крови. Те, кто имел среди своих предков евреев, мавров, негров или индейцев, лишались права работать в трибуналах.