Хотя испанская корона наделяла миссионеров и колониальную церковную иерархию большими правами, она вовсе не считала церковников абсолютно надежной опорой. Вообще королевской власти было свойственно недоверие к силам, на которые она опиралась, и стремление подчинить их деятельность максимальному контролю и постоянной мелочной бюрократической опеке. Так, колониальный аппарат подвергался бесчисленным проверкам со стороны специальных королевских контрольных комиссий (вистас), а каждый колониальный чиновник по окончании срока своей службы перед возвращением в Испанию или уходом в отставку отчитывался перед особым судебным органом, проходил так называемый «процесс по месту службы» (хуисио де ресиденсиа), во время которого любой мог предъявить ему претензии и обвинения, а он был обязан дать соответствующие объяснения. Однако коррупция среди королевских чиновников, в том числе и среди судебных контролеров, была столь велика, колонии находились так далеко от метрополии, что, несмотря на строгую систему контроля, беззакония и преступления, совершавшиеся колониальными властями, как правило, сходили им с рук.
Королевская власть контролировала деятельность церковников через колониальную администрацию. Например, в 1766 г. всем вице-королям и губернаторам был дан приказ секретно и с величайшей осторожностью собрать материал о поведении церковников. Последние признавали над собой власть короля, но отказывались подчиняться его чиновникам, претендуя на равные с ними права, что вызывало всякого рода столкновения и конфликты, разрешавшиеся Советом по делам Индий.
Другим рычагом контроля, используемым королевской властью, было противопоставление духовенства монашеским орденам. Их традиционное соперничество, поощряемое короной, позволяло ей играть роль арбитра и тем самым следить, чтобы ни одна из этих сил не выходила из повиновения, не проявляла слишком большой самостоятельности. Корона старалась, чтобы миссионеры не задерживались долго на одном месте. По мере того как завершался процесс обращения индейцев в христианство, они переходили под опеку «белого» духовенства, а миссионеры направлялись в другую «дикую» местность, что всегда вызывало их недовольство.
Королевская власть вершила судьбами церковников в колониях. Она назначала их на должности, повышала в ранге, от нее зависели их доходы, она решала спорные и конфликтные ситуации. Все это позволяло короне продвинуть на более доходные и влиятельные должности лояльных представителей церкви, а строптивых и неподатливых лишить доходов или снизить в должности, сослать в глушь, изолировать, а когда заблагорассудится — и привлечь к светскому суду (Ibid., p. 30), хотя церковники подлежали юрисдикции только своего суда.
«Американские прелаты, — пишет английский историк М. Фаррисс, — привыкли считать короля подлинным главой американской церкви даже до того, как концепция викариата (наместника бога) достигла своего полного развития в середине XVIII в. Поэтому они охотно выполняли королевские судебные решения, не считая, что такие решения нарушают церковный иммунитет больше, чем вмешательство вице-патронов (вице-королей) в спорные вопросы патроната и лишение бенефиций, против чего многие из них решительно протестовали» (Ibid., p. 32).
Король имел право также назначать по своему усмотрению визптаторов — контролеров монашеских орденов, и, хотя это делалось с согласия высшего начальства ордена, визитаторы, как правило, действовали в интересах короны, что не могло не оказывать соответствующего влияния на поведение монахов, в частности миссионеров.
Имелось в руках короля и другое грозное оружие, которое он мог применить и применял к неугодным ему служителям культа, так называемое «информационное дознание» (просесо информативо), носившее характер тайного следствия. Эта дисциплинарная мера применялась по распоряжению самого короля или его наместников в колониях. «Информационное дознание» — им руководили светские лица — не носило характер суда, не налагало каких-либо конкретных наказаний на обвиняемого, а только собирало против него компрометирующие данные в виде свидетельских показаний и тому подобных документов. Собранное таким образом досье могло послужить основанием как для процесса, так и для административных мер против лица, являвшегося объектом дознания.
При желании король мог без каких-либо объяснений, ссылаясь на так называемую доктрину «административной власти» (подер экономико), присущую ему как абсолютному монарху, выслать из колонии любого церковника, который, как отмечалось в соответствующем законе, «своим поведением способствует нарушению порядка, бунту или другим каким-либо способом вредит обществу» (Farriss N. М. Op. cit., p. 52).
Такие действия предпринимались чаще всего от королевского имени местными колониальными властями, которые для того, чтобы отчитаться перед Мадридом, предварительно проводили «информационное дознание».