Характерно, что среди обращенных индейцев не находилось таких, которые в свою очередь выступали бы с пропагандой христианства, если не считать помощников миссионеров (фискалов) в редукциях. Но фискалам поручалось только следить за исполнением индейцами основных обрядов, а не пропагандировать христианство. Индейцы на протяжении 300 лет колониального господства оставались для церкви в лучшем случае «несовершеннолетними», «детьми», требующими строгого глаза и крепкой руки. Некоторые миссионеры винили в своих бедах завоевателей, они называли конкисту, в которой многие из них принимали участие, «позором для веры» (escandolo de la fe), утверждали, что христианская вера вступила в Америку «не с той ноги» (de mal pie), подразумевая, что ей сопутствовал меч конкистадоров (La Iglesia en Espafia у el Peru. Coleccion de documentos para la historia de la Iglesia en el Peru que se encuentran en varios archivos, v. II, ed. E. Lisson Chavez. Sevilla, 1944, p. 41, 659). Последние в свою очередь не оставались в долгу и уличали миссионеров в эгоизме, лени, жадности, сладострастии, бездельи и тому подобных пороках, объясняя этим неприязнь индейцев к христианству (Documentos ineditos…, p. 89-90, 158-159, 219, 251-252, 265).
Миссионеры требовали запретить «белому» духовенству иметь какое-либо отношение к индейцам, но королевской власти вовсе не улыбалось отдать на откуп миссионерам все местное население. Миссионеры были нужны короне для обращения индейцев в христианство, их «мирного» покорения, после чего можно было извлекать из их пасомых определенную материальную пользу, а для этой цели больше подходили не миссионеры, а священники, которым были чужды какие-либо эгалитарные тенденции и пресловутое испанское стремление к «справедливости», столь непомерно раздутое Льюисом Хенке.
Исключение делалось для иезуитов, действовавших в пограничных районах (Парагвае, в северных областях Мексики), имевших стратегическое значение для испанской короны. После запрещения иезуитского ордена и изгнания его членов из Америки находившиеся под его контролем индейцы были переданы в ведение «белого» духовенства.
В начале миссионеры склонялись к тому, чтобы христианское вероучение преподносилось индейцам на их же языке, и стали усиленно изучать местные наречия, сочинять на них всякого рода пособия по католической вере. Робер Рикар обнаружил 109 таких сочинений на 9 индейских языках, относящихся к периоду 1524-1572 гг. Из них 80 принадлежало францисканцам, 16 — доминиканцам, 8 — августинцам и 5 — неуточненным авторам (Ricard R. Op. cit, p. 65). Однако по разным причинам миссионерам пришлось отказаться от использования местных языков в целях евангелизации. Их оказалось слишком много, к тому же они не были приспособлены для изложения всех тонкостей католической теологии, а искажения в переводах на местные языки «попахивали» ересью и могли закончиться для незадачливого переводчика привлечением к суду инквизиции. Вместе с тем королевская власть без особого восторга относилась к использованию для проповеди христианства местных языков, опасаясь, что оно будет способствовать изоляции индейцев и даст миссионерам определенные преимущества перед колониальными властями. Корона настаивала на скорейшей испанизации индейского населения, на обучении его испанскому языку.
Не принесла ожидаемых результатов и затея францисканцев создать своего рода элиту из преданных завоевателям индейцев, воспитанных с детства монахами. Именно этой цели должна была служить знаменитая школа для детей индейских вождей, основанная францисканцами в Тлалтелолко — одном из районов мексиканской столицы. Хотя ученики школы проявили недюжинные способности к освоению церковных доктрин, их принятию в лоно францисканского ордена, а тем более посвящению в священнический сан воспротивилось как церковное, так и колониальное начальство. Возобладало мнение, что индейцы не способны пропагандировать христианскую веру, ибо привержены к пьянству, воровству, многоженству, мужеложеству и прочим порокам. В 1555 г. собор в Мексике официально запретил принимать в монашеские ордена и посвящать в священники индейцев, негров и метисов (Ibid., p. 275-276). Такие же решения приняли затем соборы и других испанских владений. Таким образом, победила расистская теория о духовной неполноценности индейцев. В XVIII в. некоторое послабление было сделано для метисов, хотя их, как правило, засылали в глухие и бедные приходы или использовали на тяжелых работах в монастырях.