Церковные авторы уверяют, что миссионеры являлись добрыми отцами, покровителями индейцев. Многие из них якобы соблюдали обет бедности, ходили в потрепанных рясах, босиком, ели индейскую пищу, оказывали своим пасомым различного рода помощь. Были ли такие миссионеры? Несомненно, но и они, за немногим исключением, пороли индейцев, считая, что это поможет усвоить лучше христианское учение.
Францисканец Педро Боргес, автор труда о миссионерской деятельности в Испанской Америке, изданного с разрешения церковной цензуры, не стесняясь, пишет: «Когда индеец возвращался к идолопоклонству, или не проявлял рвения при обучении католическим доктринам, или совершал любой другой проступок, достойный наказания, миссионеры или сами, или через своих помощников (фискалов) пороли виновного, или обрезали ему волосы
О применении насилия к индейцам свидетельствуют почти все миссионеры XVI в. Например, Хуан де Сумаррага, первый епископ Мексжки, писал в феврале 1537 г. королю, что индейцев после их обращения в христианство «следует много раз подвергать богоугодным наказаниям, ибо они как в светских, так и в духовных делах настолько беспечны, что всегда нуждаются в „пришпоривании“, многие из них не желают посещать уроков катехизиса и выполнять других христианских обязанностей, если их не заставить. Хотя миссионеры в прошлом применяли к индейцам принуждение, среди последних все еще много последователей идолопоклонства, жертвоприношений и суеверий» (Documentos ineditos del siglo XVI para la historia de Mexico. Mexico, 1914, p. 68).
Сумаррага далее жаловался, что светские власти смотрят сквозь пальцы на языческие практики индейцев в надежде таким попустительством завоевать их расположение и заставить с большей отдачей работать на себя. Исходя из этого, епископ просил короля наделить его правом «по-отечески наказывать индейцев за преступления, совершаемые ими после крещения, и заставлять их посещать как занятия по католической доктрине, так и богослужения, праздники, а также выполнять обязанности, требуемые от них христианской религией» (Ibid., p. 69).
Испанская корона, разрешая физическое наказание индейцев, тем не менее, не соглашалась предоставить церковникам исключительное право физически расправляться с аборигенами. Индейцы нужны были испанцам в качестве рабочей силы, не говоря уже о том, что такие права неизмеримо усилили бы власть церкви. Корона настаивала, чтобы индейцев судили и наказывали светские власти. Некоторые испанцы высказывали опасения, что применение наказаний лично миссионерами могло вызвать у индейцев по отношению к ним чувство неприязни и даже ненависти (Borges P. Op. cit, p. 122). И все же церковники продолжали чинить суд и расправу над своими пасомыми. И это были далеко не «отеческие» наказания. Судья Луис де Ангис, проверявший по поручению короны поведение церковников в Мексике, писал Филиппу II 20 февраля 1561 г., что миссионеры очень часто за пустячные провинности публично подвергают индейцев порке и другим карам, «походя не на отцов индейцев, за которых себя выдают, а на врагов без милосердия и жалости» (Ibid, p. 252). Миссионеры при помощи своих помощников сгоняли индейцев на церковные службы, отсутствующих наказывали поркой, тюремным заключением, заковывали в кандалы (Ricard R. Op. cit., p. 118).
Хотя церковная хунта в 1539 г. запретила миссионерам в Мексике заключать в тюрьмы и пороть индейцев, насилия над ними продолжались. В 1561 г. епископ Мичоакона Васко де Кирога сообщил королю, что францисканцы, доминиканцы и августинцы «подвергали и подвергают тяжелым наказаниям индейцев, проявляя большую жестокость и высокомерие. Если индейцы не выполняют их волю, они оскорбляют, бьют, вырывают собственными руками волосы, раздевают их и жестоко стегают плетью, бросают в темницы, заковывают в колодки…» (Ibid., p. 291).
По собственному признанию францисканца Диего де Ланда, свирепствовавшего на Юкатане во второй половине XVI в., он сжигал древние индейские рукописи, разрушал индейские храмы, уничтожал произведения искусства и подвергал индейцев утонченным пыткам, стремясь запугать их. Заподозренные в отступничестве от христианской веры получали по приказу Ланды до 200 ударов плетью. Если и это не убеждало, их подвешивали на вывернутых руках, обливали спину кипящим воском, жгли каленым железом. К наиболее «строптивым» применяли пытку водой: через рог, вставленный в рот пытаемого, лили горячую воду, затем один из палачей становился на свою жертву и выдавливал из него воду, которая лилась, смешанная с кровью, изо рта, носа и ушей.