"Начальная" инквизиция использовалась в межцерковной борьбе за влияние. Инквизитор Монтуфар, будучи сам доминиканцем, стремился подорвать авторитет соперничавших с его орденом францисканцев. Он объявил руководство для обращения индейцев в католичество "Краткая очень полезная доктрина" (1544) своего предшественника францисканца Сумарраги еретическим сочинением, так же как и произведение другого францисканца Матурино Гильберта "Диалог о христианской доктрине на языке тарасков" (1559). Монтуфар добился осуждения этих работ. Не щадил он и августинцев, например, обвинил августинца Алонсо де ла Вера-Крус в ереси на том основания, что тот в своем труде "Де Децимис" (1555) утверждал: индейцы не обязаны платить десятины, ибо в Индиях нет "белого" духовенства, а монахи живут с подаяния. Вера-Крус был отозван в Испанию. Монтуфар учредил специальную должность инквизитора-делегата по делам монахов, на которую назначил Эстебана де Портильо. Подвергая контролю деятельность монахов, Монтуфар ссылался на решения Тридентского собора, согласно которым монашеские ордены были обязаны подчиняться церковной иерархии.
"Начальная" инквизиция была не в состоянии преследовать противников церкви в колониях в таких "грандиозных" масштабах, как это делалось в Испании. У колониальных епископов и руководителей монашеских орденов в первой половине XVI в. не было для этого ни средств, ни авторитета. Большинство конкистадоров, первых поселенцев колоний, священников и монахов думали только об одном – побыстрей обогатиться и насладиться жизнью. Они не считались с королевскими указами, церковными запретами и канонами. Вице-короли и епископы опасались раздражать эту буйную вольницу слишком строгими требованиями соблюдения церковных обрядов и принципов христианской добродетели. Стремясь укрепить свой авторитет, они непрестанно слали королю скорбные послания, прося официально учредить в колониях инквизиционный трибунал с тем, чтобы навести здесь порядок, наказать непокорных, вероотступников и тех, кто незаконно присваивал "кинто реаль" – пятую часть доходов от колониального грабежа, шедшую в королевскую казну.
Франсиско де Толедо, вице-король Перу (1569-1584), жаловался Филиппу II, что не может справиться с монахами и священниками, которые под предлогом обращения в христианство грабят индейцев, что повсюду раздается ропот на королевских чиновников, бродят шайки грабителей, возникают мятежи против королевских властей. Языки у всех распустились, никто не соблюдает закона и церковных заповедей. Шлите инквизиторов! – взывал вице-король.
Священник Мартинес писал генеральному инквизитору Испании Эспиносе 23 декабря 1567 г.: "…в королевстве Перу столько свободы для извращения и греха, что если нам господь бог не придет на помощь, то опасаемся, что эти провинции станут хуже, чем Германия… Если наш господь пришлет в это королевство судей священного трибунала инквизиции, то им не справиться с имеющимися многочисленными делами до самого дня последнего суда".
Педро де ла Пенья, архиепископ Кито, в письме от 15 марта 1569 г. тому же Эспиносе отмечал, что повсюду распространено богохульство, "ложные" доктрины и порочные истолкования Евангелия и что "как в светских делах наглеют все по отношению к королю, так и в вопросах веры наглеют по отношению к богу!" Он требовал установления в колониях "экстраординарной инквизиции". Об этом же писал и королю августинский монах Хуан де Биваро из Куско и другие церковные и светские чины (Medina J. Т. Historia del Tribunal de la Inquisition de Lima (1569-1820). v. I. Santiago de Chile, 1956, p. 29-37).
Такие призывы не могли оставить равнодушным фанатичного Филиппа II, готового, по его собственному признанию, не только бросить в костер родного сына, будь он уличен в ереси, но и лично для его сожжения притащить дрова.