Со ссылкой на "подер экономике", в частности, была издана "прагматика", предписывавшая изгнание иезуитов из испанских колоний и метрополии, а затем на таком же основании были высланы из заморских владений все без исключения церковники-иностранцы (в основном это были монахи) (Ibid., p. 53).
Административная власть государства, отмечает М. Фаррисс, несомненно, была полезным инструментом для борьбы против преступных или потенциально опасных (с точки зрения короны) церковников. Эта власть рассматривалась королевскими чиновниками в Индиях как необходимое средство для ограничения огромного влияния церкви. Борьба за преобладание была неизбежной между духовенством и светской властью – двумя господствующими классами в колониях, которые часто сотрудничали между собой, но столь же часто сталкивались, обвиняя друг друга в присвоении себе чужих прерогатив (Ibidem).
Нельзя сказать, чтобы административные меры колониальных властей против церковников всегда проходили гладко. Иногда они вызывали резкую ответную реакцию, причем окончательное решение принималось короной. Например, в октябре 1762 г. в Кампече (Мексика) прибыл из Гаваны находившийся ранее в плену у англичан монах-итальянец Хуан де Анновачио. Колониальные власти, подозревая, что Анновачио был английским шпионом, арестовали его, заковали в цепи и выслали в Испанию. Однако они совершили ошибку, сообщив о своем решении местному архиепископу. Последний, не оспаривая права светских властей на арест монаха, посчитал их действия нарушением церковных прерогатив и публично отлучил их от церкви. Архиепископ заявил, что дело о монахе власти должны были сначала передать церковному судье, и только в случае, если бы решение последнего их не удовлетворило, они могли бы действовать самостоятельно, но лишь с ведома и санкции архиепископа, который, будучи, как и они, верным королевским слугой, не отказал бы им в сотрудничестве. Обе стороны обратились за разрешением спора в Совет по делам Индий, который отменил решение архиепископа и повелел ему снять отлучение с местных властей (Ibid., p. 57-58). Это довольно типичный случай борьбы вокруг вопроса о прерогативах и правах церкви и светской власти, борьбы, которая велась на всем протяжении колониального периода.
Судебные дела, находившиеся в ведении церковных трибуналов, согласно булле папы Григория XIII, выданной Филиппу II в 1573 г., должны были завершаться в колониях. После решения церковного суда апелляция подавалась архиепископу. Окончательное решение выносил другой архиепископ, диоцез которого был расположен по соседству с первым. Булла Григория XIII не запрещала обращаться в Рим с просьбой пересмотреть постановление колониального церковного суда, но практически решения римской курии признавались только с королевского согласия (пасе регио), выдававшегося Советом по делам Индий. При Карле III эти условия еще более ужесточились. Решение римской курии рассматривалось Советом по делам Индий только тогда, когда апелляция в Рим производилась с согласия высших колониальных властей (вице-короля, губернатора) и испанского правительства.
Вместе с тем власти разрешали и даже поощряли обращение служителей культа в королевские суды вместо церковных, приветствовали апелляции клириков на решения их судов в Совет по делам Индий.
В тех случаях, когда церковные трибуналы обращались к колониальным властям с просьбой привести в исполнение приговор и взять под стражу осужденного, вытребовать с него штраф и т. д. (это называлось "ауксилио регио"), власти начинали свое собственное расследование или обращались к светскому суду для подтверждения решения церковного трибунала и только тогда оказывали просимую поддержку. Таких противоречий не возникало при приведении в исполнение решений трибуналов инквизиции.
В борьбе за преобладание, которую вела светская власть с церковью, важное место занимала просьба о защите (рекурсо де фуэрса), с которой мог обратиться в высшую судебную колониальную инстанцию – аудиенсию любой подследственный церковного суда. "Рекурсо де фуэрса" была не апелляцией, а жалобой на незаконные, несправедливые действия церковного суда. Получив "рекурсо", аудиенсия требовала от церковного суда представить ей соответствующее дело, изучив которое могла сделать внушение церковному суду за процессуальные нарушения, или заставить его изменить приговор, или вообще изъять из его юрисдикции дело и передать его в королевский суд.
Практически наличие "рекурсо" позволяло рядовым церковникам избегать наказаний, мести, преследования со стороны начальства, ибо в таких случаях аудиенсия становилась на их сторону, процессы затягивались до бесконечности, иногда длились 25 лет.
Любой мирянин мог также обратиться к вице-королю с просьбой защитить его (реаль ампаро) от незаконных действий церковного трибунала. В таких случаях вице-король мог приостановить судебное разбирательство или приказать его прекратить.