И все же страх перед возможностью лишиться патроната был всегда столь велик в Мадриде, что Свод законов для Индий буквально пестрит от различных грозных королевских указов, требующих его неукоснительного соблюдения.
В 1629 г. – через 50 с лишним лет после издания вышеуказанного закона Филиппом II король Филипп IV дополнил его, обязав всех архиепископов, епископов и церковных визитаторов при вступлении в должность присягать перед нотариусом в присутствии свидетелей в том, что они никогда не совершат поступков, противоречащих патронату, что будут охранять его, действовать согласно его установкам и не препятствовать их осуществлению. Тот же закон требовал от церковников публично защищать королевские права и королевские доходы, из какого бы источника они не исходили, в том числе получение королевской казной 2/9 церковной десятины в американских владениях Испании, и безоговорочно поддерживать действия королевских министров во всем, что касается защиты патроната (Shlels W. E. Op. cit., p. 193-194).
Испанская корона в целом могла рассчитывать на солидарность и поддержку своего духовенства, в особенности церковной иерархии, члены которой подбирались из аристократических семейств, являвшихся опорой королевской власти. Духовенство целиком состояло из испанцев. В вопросах теологии оно признавало главенство Рима, но это не мешало ему считать не Рим, а Испанию родиной ортодоксального католицизма. Иначе дело обстояло с монашескими орденами. Все они подчинялись непосредственно папе римскому, их руководство находилось в Риме, монахи были спаяны железной дисциплиной, действовали независимо от национальной церковной иерархии. Испанской короне было значительно труднее контролировать деятельность монашеских орденов, чем деятельность священников. И все же обойтись без их услуг королевская власть не могла. Монахи обладали апостолическим рвением, легко снимались с насиженных мест, не боялись риска, что делало их неоценимыми помощниками завоевателей. Правда, монахи, трудясь на "ниве господней", стремились в первую очередь прославить свой орден и расширить сферу его влияния. Поэтому королевская власть, используя их "бойцовые" качества в интересах сначала конкисты, а затем порабощения индейского населения, пыталась одновременно ограничить их связи с папским престолом и подчинить их деятельность контролю более лояльно настроенной церковной иерархии. После Тридентского собора, наделившего епископов правом контроля над всей религиозной деятельностью в пределах их епархий, испанская корона обязала монахов в колониях подчиняться местной церковной иерархии. Папскому престолу пришлось довольствоваться назначением комиссариев, представлявших в Мадриде генералов (римское руководство) монашеских орденов. Комиссарии сносились с монахами в колониях через Совет по делам Индий. Хотя комиссарии назначались с согласия короны, она настороженно относилась к их деятельности. Филипп II предложил перевести комиссариев в колонии, что поставило бы их в еще большую зависимость от короны, ибо их назначения производились бы тогда Советом по делам Индий. Но папский престол контратаковал, предложив учредить пост специального нунция для Индий, а это угрожало существованию патроната. Филипп ответил, что согласен на назначение такого нунция, но при условии, что он будет пребывать в Мадриде. В конце концов, обе стороны отказались от своих проектов, хотя деятельность монахов в колониях продолжала вызывать постоянные трения между папским престолом и королевской властью.
Адриан VI, бывший царедворец Карла V, будучи избранным папой, буллой "Омнимода" (1522) уравнял в правах францисканцев в Индиях со священниками. И хотя в той же булле он подчинил францисканцев колониальной церковной иерархии, последняя неоднократно поднимала вопрос о лишении монахов священнических функций. Традиционная вражда между "белым" и "черным" духовенством (священниками и монахами) привела к разграничению их функций: монахи в основном выполняли роль миссионеров, а священники возглавляли колониальную церковную организацию.
И все же королевская власть продолжала не доверять лояльности монахов. Ее опасения особенно возросли в 1568 г., когда в римской курии была создана Конгрегация пропаганды веры, возглавившая деятельность миссионеров среди "язычников". Когда Конгрегация попыталась подчинить своему контролю работу монашеских орденов в заморских владениях Испании, Филипп IV в 1634 г. обязал всех руководителей монашеских орденов присягать наравне с духовенством на верность патронату (Ibid., p. 205).
В XVIII в. королю Фердинанду VI, наконец, удалось осуществить давнишнюю мечту испанской монархии и добиться от папского престола расширения патроната на всю территорию метрополии. Это право было зафиксировано в конкордате, подписанном Бенедиктом XIV в 1753 г. Конкордат предусматривал, что впредь испанские епископы при посвящении в сан будут приносить присягу на "послушание и преданность" не папе римскому, а королю.