В условиях полной неразберихи Андрей Евгеньевич принимает меры к организации обороны. Он основательно укрепляет линию фронта и создает стабильную оборону на подступах к Царицыну. Это сохраняет продовольственную и нефтяную артерии и не позволяет соединиться белогвардейским армиям юга и востока. Это были действия глубокого стратега и тактика, имевшего громадный собственный опыт.
Неожиданно в Царицын прибывает Сталин с мандатом «общего руководителя продовольственного дела на юге России». Все действия А. Снесарева, других военных специалистов приписываются отныне новоявленному вождю, а результаты поражения относились на совесть военных специалистов, которых Сталин презрительно называл «сапожниками». Все это неудивительно, так как его советчиком и наставником по царицынской эпопее был Ворошилов, которого Снесарев в докладе Председателю Высшего военного совета Л. Троцкому характеризовал: «т. Ворошилов как войсковой начальник не обладает нужными качествами. Он недостаточно проникнут долгом службы и не придерживается элементарного правила командования войсками, почему скорее он подлежал бы удалению с занимаемой должности…»
Теперь все советы А.Е. Снесарева по вопросу укрепления обороны и последующего наступления Сталин не хотел слушать. «Бывший вор в законе города Баку» считал эти планы «вредительским» на том основании, что они носят «печать оборончества». Доказательствами он себя не утруждал, зато, не стесняясь в крепких русских выражениях, поставил «этих сапожников» на матерное место, но Снесарев дал отпор. Теперь на фронте повелось, что Сталин с тех пор открыто пренебрегал военруками. В штабах, а потом и по городу вдруг поползли слухи: квартира Снесарева – шпионское гнездо, сам он – ставленник иностранных разведок и глава подпольной белогвардейской организации. Ленин к тому времени уже понимал, что без военспецов в войне не победить. Поэтому проявлял сдержанность в отношении этих сообщений.
Но когда Снесарев издал приказ, в котором группе Ворошилова, когда тот уже именовал себя «командующим фронтом», отводилась вспомогательная роль, то Сталин вмешался, чтобы приказ не вступил в силу. Сначала арестовывают работников штаба округа – ближайших помощников Снесарева, а потом и самого военрука. Этих «предателей-сапожников» засадили в трюм баржи и начали действовать с ними «со всей революционной решительностью», т. е. расстреливать.
Затянувшийся конфликт между Сталиным и генералом Снесаревым (в дальнейшем так называемое «баржевое дело») разбирала специальная инспекция Высшего военного совета. Она подтвердила правомочность большинства действий командующего округом и спасла его от физической расправы. А.Е. Снесарева срочно отозвали в Москву. Его деятельность оценили положительно и назначили сначала начальником обороны Западного района, а впоследствии командующим Белорусско-Литовской армией. Правда, конфликт с новоявленным тираном не прошел даром, и выдающийся командарм через 11 лет был арестован и приговорен к расстрелу, который был заменен 10 годами лагерей, а его блестящие военные произведения были преданы забвению, но об этом чуть позже.
Всем известно, что оборона Царицына закончилась успешно, так как был реализован план Снесарева. При этом под городом на Волге погибло около 60 тысяч красноармейцев. Это произошло по причине необдуманных действий Ворошилова, Буденного, Кулика, Щаденко, Минина. Именно от таких людей пошло гулять высокомерное поверье: «мы «академиев» не кончали, мы сами с усами». Это самодовольство очень дорого обошлось нашему народу.
В сентябре-ноябре 1918 года А. Е. Снесарев – начальник Западного района обороны, в ноябре 1918 – мае 1919 годов командующий Западной (с марта Литовско-Белорусской) армией. В августе 1919 года А.Е. Снесарев был отозван из действующей армии и назначен начальником Академии Генерального штаба РККА. Снесарев был членом военно-исторической комиссии по обобщению опыта Первой мировой войны и председателем Главной военно-научной редакции. Обладая замечательными лингвистическими способностями (он владел 14 языками), перу Снесарева в те годы принадлежат переводы военных теоретиков Шлиффена, Бернгарди, Куля, Шварте, Кюльмана, Фалькенгейна, снабженные его предисловиями и примечаниями.
Еще во время службы в Туркестане в 1888 году он занимался изучением и военно-географическим описанием Среднего Востока. Совершил поездки по Индии, Афганистану, Тибету и Кашгарии. С 1904 года в Генштабе, одновременно преподавая географию в военных училища.