Елизавета Петровна не вполне удовлетворила надежд моряков, ожидавших, что при ней флот вновь приобретет то высокое значение, которое имел он при своем великом основателе. Первые распоряжения Елизаветы действительно как будто клонились к осуществлению подобных ожиданий и указывали на возвращение к порядкам, установленным ее родителем; но это возвращение, собственно, флоту не принесло пользы. Вместе с упразднением «Кабинета министров» Сенату были возвращены прежнее правительственное значение и власть и затем повелевалось «все (состоявшиеся при Петре I) указы и регламенты наикрепчайше содержать и по ним неотложно поступать». Но впоследствии взамен Кабинета явилось подобное ему учреждение «Конференция министров», а возвращение к прежним порядкам в применении к флоту оказалось крайне неудобным. Хотя в пояснение высочайшего указа об исполнении постановлений Петра Великого и прибавлялось «кроме тех (постановлений), которые с состоянием настоящего времени несходны и пользе государственной противны», но в морском управлении сочли нужным большую часть полезнейших улучшений, введенных комиссией Остермана, заменить отжившими петровскими порядками. Правда, что такое вредное изменение, кроме остановки производства в чины морских офицеров, вначале ограничилось только некоторыми формальностями, как например, введением на флоте вместо одного флага прежних трех флагов разных цветов, и т. п. Но при невозможности полного уничтожения всего сделанного при Анне Иоанновне, началась по этому поводу в морской администрации борьба, много вредившая Правильному течению дел по морскому управлению.
Важнейшие военные действия в 40–е годы XVIII века, в которых принимал участие флот, были войны со Швецией и с Пруссией. Шведы были твердо уверены, что с восшествием на престол Елизаветы, при пособии Франции, им удастся заключить выгодный для себя мир и возвратить часть земель, завоеванных Петром, но они очень ошиблись в своих расчетах. Елизавета не только не согласилась ни на какие уступки, но, напротив, решилась энергично продолжать войну.
Весной 1742 года, под начальством фельдмаршала Ласси, двинулся из Выборга по берегу Финского залива 25–тысячный корпус, поддерживаемый идущим в шхерах галерным флотом, с 10–тысячным десантом. Вместе с этим, в Кронштадте и Архангельске вооружались две эскадры корабельного флота: первая, в числе 23 вымпелов (13 кораблей, 3 фрегата и 7 других судов), под флагом вице–адмирала Мишукова, и вторая из 4 кораблей, 5 фрегатов и 1 гукора, под начальством вице–адмирала Бредаля. Архангельская эскадра должна была итти в Балтику для соединения с Мишуковым. Кроме судов, вышедших в море, в это время в Архангельске находились еще три линейных корабля и яхта, не успевшие приготовиться к настоящему плаванию. Образование в Белом море такой сильной эскадры было следствием предусмотрительности той же остермановской комиссии, по представлению которой строимые в Архангельске суда, с 1739 года, оставлялись там с той целью, чтобы ими «в случае войны (со шведами) можно было сделать диверсию неприятельским силам».
Еще предлагалась нам неожиданная помощь извне, со стороны Англии, где частные арматоры готовы были вооружить каперы на свой счет, прося только, чтобы, согласно требованиям английских законов, на каждый из каперов русское правительство «хотя для одного вида» назначило своего офицера и часть русской команды. Головин, признавая полезность такого предложения, не успел им воспользоваться, промедлив ответом на него целый год.
Ласси, следуя за быстро отступающим неприятелем, ожидавшим не войны, а мира, почти без выстрела дошел до Гельсингфорса, где, отрезав шведам путь к дальнейшему отступлению, овладел городом и принудил сдаться на капитуляцию весь 17–тысячный шведский корпус.