Перестройка адмиралтейства производилась постепенно, частями, начиная с фасада, обращенного к стороне Зимнего дворца, и осенью 1810 года в возобновленном здании уже происходили заседания Адмиралтейств–коллегий и ее экспедиций. Все произведенные работы стоили почти 2 1/2 миллиона рублей, и, несмотря на военное время, щедрый отпуск сумм не только ни разу не приостанавливался, но даже в страшно тяжелый для государства 1812 год на перестройку адмиралтейства была отпущена 421 тысяча рублей.
В новом Петербургском адмиралтействе происходило строение 74–пушечного корабля Селафаил и приступлено к углублению реки Мойки, обделке части берега ее, прилегающей к верфи, планировке местности, устройству элингов, мастерских и всего необходимого для кораблестроения. Кроме того, в видах усиления кораблестроения, при впадении в Неву реки Охты, на месте бывшей шведской крепости Ниеншанц, морским ведомством приобретена покупкой земля, и на ней в 1806 году начали устраивать верфь, с которой в 1812 году спущено первое судно фрегат Поллукс; а в 1814 году – 74–пушечный корабль Финланд.
Переселенные в Петербург Петром I охтенскйе плотники, селений которых находились близ новой верфи, долгое время были полезными и искусными рабочими при кораблестроении; но впоследствии, ознакомясь со столичными требованиями, они занялись более выгодными ремеслами, начали брать подряды и т. п., а на обязательные для них адмиралтейские работы, вместо себя, нанимали плохих работников. Это привело к тому, что в 1803 году найдено было более выгодным для казны обязательную работу охтян заменить определенным оброком, которого в пользу адмиралтейства собиралось до 25 тыс. рублей.
В Кронштадте построены офицерские и служительские флигеля, окончательно отделаны обводный адмиралтейский канал и провиантские магазины. Приобретен казной от частного лица дом «для жительства генералитету»; а из сада его, с присоединением сада, купленного в 1808 году у Грейга, и также садов, принадлежащих казне, устроен «для кронштадтских жителей» один сад, послуживший основанием нынешнему «летнему».
Не исправляемая капитально Ревельская гавань разрушалась все более и более. Наконец, в 1802 году видимая опасность для судов, зимовавших в Ревеле, заставила строительную экспедицию приступить к исправлению старой военной гавани. Работы вяло тянулись несколько лет, покуда два следующие обстоятельства не возбудили внимание к этому делу: в сентябре 1806 года сильной бурей размыло западную стенку гавани, и в самой гавани было замечено быстро увеличивающееся обмеление. В следующем же году приступлено к постройке новой военной гавани, рассчитанной на помещение 27 кораблей. Работы производились по частям, и срубы пятой, последней части стенки опущены на дно зимой на 1820 год. Осенью строение было окончено и, по словам официального донесения, «гавань приведена в такое состояние, что (в ней) весь флот удобно поместится и спокойно стоять может». Пространство, занимаемое гаванью, было более 25 тыс. квадратных сажен. При окончании постройки новой гавани стенку старой, разобрав верхнюю ее часть, обратили в пристань.
По овладении крепостью Свеаборг, в 1808 году при ней учрежден был Свеаборгский порт, первым начальником которого назначен вице–адмирал Сарычев. В том же году другой бывший в Финляндии, на озере Саймо, Вильманстрандский порт упразднен, как потерявший всякое военное значение при перенесении границы нашей со Швецией к реке Торнео. Все находившееся в Вильманстрандском порту казенное имущество было сдано сухопутному начальству в Выборге, а суда переведены в Нейшлот и обращены в перевозные.
В Архангельском порту разрешено строить 11 флигелей для офицеров, 6 казарм для нижних чинов, сараи для разбивки на плазе корабельных членов, для обделки их и хранения, помещение для чертежной и магазин для экипажеских припасов На все это предполагалось употребить до 116 тысяч рублей; а в 1803 году повелено исчисленную «на окончательное устроение Архангельского адмиралтейства в прежнем обширном его виде» сумму 560 тысяч рублей отпустить из государственного казначейства в течение 6 лет.
Возведение новых построек и улучшение существовавших в портах Черного моря, главным образом, произошло в управление Грейга; а в 1816 году в Азовском море упразднен Таганрогский порт, «как признанный более ненужным». В нем оставлен только один адмиралтейский комиссионер для получения и отправления оттуда железа и якорей, доставляемых из Сибири для Черноморского флота.