В 1811 году флот (10 кораблей, 3 фрегата и 1 бриг) под начальством вице–адмирала Галла подходил к Варне, но не нашел там неприятельского флота. Посланный Галлом в Пендераклию капитан 1 ранга Быченский с двумя кораблями быстрым, отважным нападением успел захватить и увести построенные там фрегат и корвет, которые долго служили в нашем флоте под их настоящими именами Магубей—Субхан и Шагин—Гирей. По возвращении флота в Севастополь высылались только крейсеры к Дунаю для поддержания сообщения с находящейся там флотилией и для наблюдения за движением турецкого флота и к восточному берегу для воспрепятствования сношениям неприятеля с местными жителями, а также и для доставления провианта и разных припасов сухумскому гарнизону. При осенних бурях эти крейсеры получили значительные повреждения, а один из них, бриг Царь Константин, разбился между Анапой и Редут—Кале.
В продолжение этой войны, тогда как Черноморский гребной флот отличался примерной отвагой, энергией, в действиях корабельного, за исключением нескольких отдельных подвигов, в общем ходе дел замечалась какая–то странная вялость, нерешительность и у отдельных начальников крайняя осторожность, заставлявшая их избегать малейшего риска, что в значительной степени объяснялось печальным состоянием флота.
Главнокомандующий кавказскими войсками князь Цицианов, получив известие о сборе в Тавризе значительного числа персидских войск для вторжения в наши владения, для отвлечения части их решил, высадив в Энзили десант около 1300 человек, овладеть городом Рештом. Хотя в это время число судов флотилии было весьма ограниченное, но однако она удовлетворительно исполнила требование главнокомандующего. По штату, утвержденному в 1803 году, в Каспийской флотилии было положено иметь от 2 до 4 корветов, от 2 до 4 бригов, от 2 до 4 люгеров, 2 бомбардирские судна и от 6 до 10 транспортов; но средства Казанского и Астраханского адмиралтейств оказались до того недостаточными, что в 1805 году, когда потребовались суда для перевозки десанта, Астраханский порт мог дать только один фрегат, яхту, 4 галиота и шхоут.
Десант, принятый на эти суда в устьях Волги у Сладкоеричной пристани, 23 июня, подошел к Энзили. На берегах узкого пролива, ведущего к городу, сооружены были персами укрепления, и в угрожающем положении стояли толпы вооруженного народа; но когда начальник отряда капитан–лейтенант Веселаго послал три галиота для овладения городом и когда один из них под огнем неприятеля прошел пролив, защитники города бросились на свои лодки и спешили спасаться бегством, оставив в добычу русским три судна и 8 фалконетов.
По занятии Энзили отряд десантных войск, поддерживаемый четырьмя вооруженными шлюпками, выбивая неприятеля штыками из засек и укреплений, дошел по направлению реки до города Перибазара и овладел им. Отсюда начальствующий десантом генерал–майор Завалишин направился к Решту; но непроходимая, испорченная персами дорога, защищаемая неприятелем, значительно превосходившим по силам наш десант, заставила Завалишина отступить, возвратиться на суда и выйти в море. Зайдя к острову Саре для пополнения запаса пресной воды, отряд перешел к Баку. После неуспешных переговоров о сдаче города был свезен десант, и суда начали бомбардировку, на которую крепость отвечала огнем своей артиллерии. Высаженный десант, после упорной защиты бакинцев, овладел командовавшими крепостью высотами, на которые за неимением лошадей орудия перевозили люди. При продолжающейся бомбардировке две бывшие на отряде мортиры разорвало, а снаряды остальных четырех 12–фунтовых пушек не могли сделать сколько–нибудь значительных повреждений трехаршинным массивным стенам крепости. При таком положении осады известие о приближении к Баку идущих на помощь войск кубинского хана заставило десант возвратиться на суда. Зайдя к о. Саре, где Завалишину поручено было оказать содействие в переселении одного дружественного племени, отряд перевез десант к Апшерони, откуда он пошел в Баку для соединения с подходящими к городу войсками князя Цицианова. Бакинский хан согласился сдать город, но, воспользовавшись доверчивостью главнокомандующего, изменнически убил его; осада города прекратилась, и он взят был только в следующем 1806 году.
В 1808 году Каспийская флотилия, укомплектованная уже согласно штатному положению, состояла из 18 судов (2 корвета, 4 брига, 4 люгера, 2 бомбардирских судна, 4 транспорта и 2 гальота), на которых было 136 орудий. В те из последующих годов, в которые флотилия не принимала участия в военных действиях, суда ее, в числе от 5 до 10, крейсеровали у западного и южного берегов моря и перевозили десанты или припасы для сухопутных войск.