Согласие адмирала Котона на эти условия объяснялось им вниманием к многолетним дружеским отношениям России к Англии и благородными поступками начальника русской эскадры в Лиссабоне; но истинной причиной была выгода самой Англии, дальновидные правители которой предвидели непрочность союза России с Францией и находили для самой Англии более полезным, временно отстранив эскадру Сенявина от боевой деятельности, сохранить в целости для недалекого будущего корабли своего вероятного союзника. Кроме того, правители Англии и адмирал Котон ясно понимали, что нападение на русскую эскадру дорого обошлось бы и самим англичанам.
Однакоже в английском обществе трактат этот по своей выгодности для России возбудил общее неудовольствие, и в одном из адресов, поданных королю, было сказано: «Потеря сражения вследствие измены была бы менее унизительна для англичан, нежели принятие условий Сенявина». Но правители Англии утвердили условия, согласясь с доводами и оправданиями Котона, который по этому случаю писал: «Да будет честь, оказанная русскому флагу, перед лицом Британии, повелительницы морей, жертвой признательности англичан к русскому народу».
После десятимесячного пребывания в Лиссабоне эскадра Сенявина 26 сентября 1808 пришла в Портсмут. Английское министерство, находя не соответственным достоинству страны, чтобы на ее рейде развевались неприятельские флаги, потребовало немедленного их спуска. Но Сенявин отвечал: «Я здесь ещё не пленник, никому не сдавался, не сдамся и теперь; флаг мой не спущу днем и не отдам его, как только с жизнью моею». Действительно флаги были спущены с подобающей честью только с захождением солнца.
Экипажи судов эскадры Сенявина в навигацию следующего 1809 года перевезены были в Ригу на английских транспортах; а из принятых англичанами судов только два в 1813 году возвратились в Россию, за остальные же, пришедшие в ветхость, было заплачено по их тогдашней стоимости.
Суда других отрядов, бывших под начальством Сенявина, также не имели возможности достигнуть своих портов. Капитан Салтанов, получив в Корфу известие о разрыве с Англией, поспешил перевести свой отряд в союзные австрийские порты Триест и Венецию. Попытка англичан захватить суда, оставленные в Триесте, не удалась, и в 1810 году все суда этого отряда были сданы по оценке французскому правительству, а команды возвратились в Россию сухим путем. Отряд Баратынского пришел в Корфу и, не застав Сенявина, большую часть своих судов оставил там для исправления, а сам с двумя кораблями, дойдя до порта Ферраио, остался в нем на зимовку и в 1809 году также сдал все свои суда французам на условиях одинаковых с отрядом Салтанова.
Фрегат Венус под командой капитана 1 ранга Андреянова, отправленный Сенявиным из Лиссабона с депешами в Палермо, благополучно дошел до этого порта, но находившийся там с отрядом английский вице–адмирал Торнброу потребовал сдачи фрегата. Андреянов, ответив, что «фрегат взлетит на воздух, но не сдастся», приготовился защищаться до последней крайности и потом взорваться. Но по ходатайству нашего посланника Татищева неаполитанское правительство разрешило поднять на Венусе неаполитанский флаг и тем избавило фрегат от неминуемой гибели.
Так окончилась славная для нашего флота «Сенявинская кампания». При возможности продолжения успешной деятельности адмирала на восточном берегу Адриатики, она могла бы послужить к тесному сближению русских войск с тамошним славянским населением и в будущем повести к неисчислимо важным последствиям. В эту кампанию сведущий, энергичный Сенявин показал себя храбрым и талантливым боевым адмиралом, добрым, заботливым начальником, способным администратором, предусмотрительным дипломатом и самоотверженным высоким патриотом. При светлом уме и отзывчивом, симпатичном характере, действуя, всегда и везде, честно, благородно и с непоколебимой твердостью, он, при сношениях своих с иностранцами, от друзей и от врагов пользовался заслуженным уважением и доверием.