Но несмотря на строгое соблюдение Александром условий союза, вскоре после Тильзитского мира начались постоянно возрастающие и обостряющиеся дипломатические столкновения между Россией и Францией. Наполеон, требовавший от Александра строгого исполнения выгодных для себя статей трактата, сам обыкновенно медлил исполнением или вовсе не исполнял условленных обязательств, выгодных для его союзника. Иногда же и выгоды, полученные от союза с Наполеоном, перевешивались вновь создаваемыми им невыгодами. Например в 1809 году, двинувшая свои войска на помощь Наполеону против австрийцев Россия получила при заключении мира Тарнопольскую область в Восточной Галиции, но в то же время взятыми от Австрии землями было значительно увеличено враждебное нам герцогство Варшавское. Это и многие другие действия Наполеона в 1812 году привели к отечественной войне.
Война с французами отразилась и на отношении пограничных с нами на юге государств, Турции и Персии. По внушению Наполеона, обнадежившего султана возможностью возвращения Крыма, турецкое правительство видимо начало искать предлогов к возбуждению войны. Так, в 1804 году, в прямое нарушение Ясского трактата 1791 года, без согласия России были сменены неугодные Наполеону господари Молдавии и Валахии, и Россия, получившая неудовлетворительный ответ на свой протест Порте по поводу этого и других обстоятельств, принуждена была открыть враждебные действия против Турции. Войска наши, овладев крепостями Хотин и Бендеры, заняли Дунайские княжества; отряд Черноморского флота в 1807 году взял крепость Анапу, а действующая со стороны Архипелага эскадра Сенявина, нанеся поражение турецкому флоту у Дарданельского пролива и при Афонской горе и блокируя Дарданеллы, препятствовала подвозу в Константинополь съестных припасов. Взбунтовавшиеся янычары свергнули султана Селима III и возвели на престол брата его Мустафу IV, после которого в скором времени вступил на престол Махмут.
Тревожное состояние Турции и война с Францией привели Россию к заключению с Турцией перемирия, с августа 1807 по март 1808 года, в действительности продолжавшегося, по политическим обстоятельствам, еще целый год. Военные действия возобновились только весной 1809 года, когда Турция, заключившая союзный трактат с Англией, в надежде на могущественную ее помощь, получила полную уверенность в успехе.
Но надежды эти не оправдались: сначала война продолжалась с переменным счастьем, но в 1809 году взяты были русскими приморские турецкие укрепления при Кюстенжи, Мангалии и Коварне, по Дунаю – Мачин, Гирсов и сильные крепости Измаил и Браилов. В мае 1810 года покорилась Силистрия, и в августе под Батином на Дунае турецкая армия была разбита наголову М. И. Кутузовым. Наконец, в октябре 1811 года, по овладении у Рущука лагерем великого визиря и тесном обложении его армии, приступлено было к переговорам, которые, несмотря на настоятельные убеждения Наполеона о продолжении войны, 16 мая 1812 года окончились Бухарестским миром, отдавшим России Бессарабию с крепостями Измаил, Килия и Аккерман, придвинувшим наши границы к реке Пруту и открывшим для русских судов свободное плавание по Днестру и Дунаю. Заключение этого мира позволило обратить действующие в Турции войска против великой армии Наполеона, приближающейся к нашей границе.
К 90–ым годам XVIII века наши войска, занимая Грузию и соседние с ней владения, уже выдвинулись на берега Каспийского моря и перешли через реку Араке, но после смерти Екатерины военные действия были прекращены, и войска возвратились в Россию.