Морской корпус при Павле I был переведен из Кронштадта в Петербург. Для улучшения научных сведений штурманов вместо штурманских рот, находившихся при портах, основаны штурманские училища в Кронштадте и Николаеве, причем ученики получили несравненно лучшую материальную обстановку, научные пособия и лучших учителей. Для образования сведущих кораблестроителей при адмиралтействах, Петербургском и Николаевском, образованы училища корабельной архитектуры. Положение и штаты этих училищ утверждены в 1798 году, а Морской корпус, основанный при Екатерине в Николаеве, и Корпус чужестранных единоверцев в Петербурге – упразднены.
В портах учреждены особые классы, в которых ежедневно должны были собираться свободные от службы морские офицеры, капитаны и даже флагманы. В этих классах читали «нужные для офицера науки: тактику, эволюцию, навигацию, морскую практику, корабельную архитектуру» и также новый морской устав. Нетрудно понять, что это учреждение, с таким составом слушателей, принудительным характером посещения при отсутствии сколько–нибудь приготовленных к делу преподавателей, не приносило ожидаемой от него пользы, а только составляло весьма неприятную служебную обязанность. Но другое учреждение этого времени – «Особенный комитет» при Адмиралтейств–коллегий – могло принести существенную пользу и иметь будущность. Образованием этого Комитета – родоначальника существовавшего впоследствии «Морского ученого комитета» и заменившего его «Военного морского отдела» Главного морского штаба – до известной степени осуществлялся проект Ломоносова о Морской академии. Вновь учрежденному Комитету ставилось в обязанность «прилагать всякое попечение об издании полезных сочинений, назначать разные пьесы (статьи) для перевода с иностранных языков, также задавать к решению вопросы касательно кораблестроения, нагрузки артиллерийской должности, разведения и хранения лесов и о прочем». Членами комитета назначены историограф флота вице–адмирал Шишков, один корабельный мастер и три флотские капитана, в числе которых был и известный автор превосходных морских учебников Платон Яковлевич Гамалея.
Для собирания исторических материалов и составления истории российского флота на учрежденную должность историографа назначен был А. С. Шишков. В 1800 году вышла книга трудов Комитета под заглавием «Морские записки», в которой, между прочим, объяснялось, что Комитет «основан без всяких данных ему преимуществ, расположен тесно и никакой определенной на содержание его суммы не положено, того ради и лишен он способностей, принести некогда желаемые плоды». Из этого видно, что полезнейшая сама по себе мысль была с самого начала парализована характером ее исполнения. Второй книги «Морских записок» не появлялось, и самый Комитет впоследствии был преобразован в «Адмиралтейский департамент».
Для практического усовершенствования в морском деле было отправлено в Англию 12 лучших флотских офицеров и для изучения кораблестроения – несколько корабельных учеников.
При заботах о военном флоте обращалось также особенное внимание на усовершенствование флота торгового. Для улучшения конструкции коммерческих судов разных типов было повелено составить чертежи судов с лучшими качествами. Для морской торговли лицам, желающим строить коммерческие суда, дарованы льготы по приобретению лесов и приглашению мастеров; с товаров, привозимых и вывозимых на русских судах, уменьшены пошлины, и на купеческие суда дозволено отпускать чинов военного флота.
Для развития судостроения и рыболовных промыслов на северных водах России предполагалось войти в рассмотрение местных потребностей, завести суда, наиболее пригодные для плавания в тех водах, избрать удобные места для устройства верфей, послать для наблюдения за работами подмастерьев, или «добрых» тимерманов, и обратить внимание местных промышленников на выгоды китовой ловли, «дабы воспользоваться преимуществами оной в омывающем российские берега океане». Но все эти полезные предположения, к сожалению, не успели осуществиться.
Промышленная деятельность, развиваемая Шелеховым на берегах Америки и островах Восточного океана, получила прочную организацию в учреждении «Российско—Американской компании», которой были даны на 20 лет особые привилегии, предоставлявшие компании «пользоваться всеми промыслами и заведениями края, делать открытия и занимать открываемые земли в российское владение, заводить заселение и укрепление для безопасного пребывания, производить мореплавание ко всем окрестным народам и иметь торговлю со всеми около лежащими державами».