Нельсон вообще не любил русских и завидовал всякому успеху Ушакова, а при личном знакомстве оба адмирала по разности своих характеров и взглядов тотчас стали во враждебное положение друг к другу. Нельсон почему–то ожидал встретить в Ушакове покорное орудие, которое под его влиянием будет действовать в интересах Англии; но, против своего ожидания, нашел в нем умного, самостоятельного русского адмирала, который, по словам Нельсона, «держит себя так высоко, что это отвратительно» и что «под его вежливой наружностью скрывается медведь».
Для освобождения от французов римских владений вместе с 1500 неаполитанцев готовился итти под начальством полковника Скипора и русский отряд в 800 человек, в числе которых было небольшое число матросов с лейтенантом Балабиным. По получении известия о заключении англичанами капитуляции, Ушаков не хотел отпускать русских, но кардинал Руффо упросил его, представляя, что одни неаполитанцы не в состоянии будут справиться в занятом городе. Таким образом, при церемониальном входе неаполитанцев в Рим приняли участие русские и в числе их моряки.
Между тем французы держались еще в Мальте, но участвовавшая в блокаде португальская эскадра возвратилась в Лиссабон, и англичане не имели возможности собрать достаточно силы для взятия Лавалеты. Поэтому теперь Нельсон и король неаполитанский убеждали Ушакова итти с флотом к Мальте, и он решился отправиться туда. Задержанный исправлением судов, заготовлением продовольствия и противными ветрами, адмирал мог выйти в море только 20 декабря, оставив для охранной службы около Неаполя 3 фрегата под начальством Сорокина. На эскадре Ушакова, состоявшей из 7 кораблей, 1 фрегата и 8 мелких судов, находились также 2 тысячи гренадер под начальством генерал–майора князя Волконского, назначенных быть гарнизоном Лавалеты, главной крепости на острове Мальта. На пути из Неаполя в Мальту, в Мессине Ушаков получил приказание возвратиться с флотом и бывшими при нем сухопутными войсками к своим портам.
Причиной этого приказания было поведение австрийцев и англичан, которые под видом друзей действовали как злейшие враги России. Действия австрийцев были особенно гибельны для нашей армии в Северной Италии. Так например, опасаясь, что русские войска, высаженные в Голландии, овладеют ею, венский двор, не дождавшись прибытия Суворова, поспешил двинуть армию эрцгерцога Карла из Швейцарии к стороне Майнца. Это несвоевременное передвижение повело к поражению находящегося под Цюрихом русского корпуса Римского—Корсакова и поставило в отчаянное положение самого Суворова, двигающегося с 20–тысячной армией через Сен—Готард.
Россия со стороны своих союзников постоянно встречала хитрые извороты, своекорыстные расчеты и полное пренебрежение к ее интересам. Подобное отношение, доказанное множеством фактов, привело к возвращению в отечество сухопутных и морских сил, т. е. армии Суворова и эскадры Ушакова.
Ушаков вместо Мальты отправился к Корфу как для взятия находящегося там русского гарнизона и имущества, так и для исправления повреждений судов, полученных во время тяжкого бурного перехода. В Корфу адмирал пришел 7 января 1700 года и нашел здесь два батальона гренадер под начальством генерал–майора Бороздина, которые посылались Павлом для «составления гвардии при особе короля неаполитанского». Это сделано было по просьбе короля и в знак особенного расположения к нему Павла I. На судах Пустошкина гренадеры перевезены были в Отранто, откуда сухим путем дошли до Неаполя. Эскадра Карцева весной 1800 года была отправлена для крейсерства между берегами Африки, Мальтой и Сицилией, а отряд вице–адмирала П. В. Пустошкина оставлен для крейсерства между Сицилией и берегом Италии. Это сделано было по просьбе англичан, опасавшихся, что французские войска, находящиеся в Египте в крайне стесненном положении, могут решиться возвратиться во Францию. Но когда французский главнокомандующий в Египте генерал Клебер одержал победу над отправленной против него турецкой армией и улучшившееся положение французов позволило им оставаться в Египте, то Ушаков возвратил крейсерские отряды в Корфу.
Исправив повреждения своих судов, Ушаков 6 июля вышел из Корфу и в сентябре месяце прибыл в Константинополь. Благодарный султан принял адмирала с прежней благосклонностью и пожаловал ему другое бриллиантовое перо и 6 медных пушек, полученных русской эскадрой в 1798 году на пути ее в Средиземное море.
26 октября главная часть эскадры Ушакова была уже в Севастополе. В Средиземном море остались отряды судов Сорокина и Войновича; первый был отдан в распоряжение неаполитанского правительства, а второй, задержанный разными обстоятельствами, возвратился к своим портам в 1802 году.