В Архангельском порту разрешено строить 11 флигелей для офицеров, 6 казарм для нижних чинов, сараи для разбивки на плазе корабельных членов, для обделки их и хранения, помещение для чертежной и магазин для экипажеских припасов На все это предполагалось употребить до 116 тысяч рублей; а в 1803 году повелено исчисленную «
Возведение новых построек и улучшение существовавших в портах Черного моря, главным образом, произошло в управление Грейга; а в 1816 году в Азовском море упразднен Таганрогский порт, «
По причине обмеления реки перед Астраханским адмиралтейством еще во второй половине XVIII века поднимался вопрос о перенесении судостроения в более удобное место на реку Цареву, один из притоков Волги, но составленный тогда проект не получил утверждения. В 1803 году совершенная ветхость портовых строений заставила возобновить вопрос о перенесении адмиралтейства на реку Цареву; выбор места, соображения и переписка тянулись до 1815 года, и когда на Цареве заложили элинг для починки судов, то ранее окончания его постройки убедились, что против элинга проток с каждым годом мелеет, и место проектированных доков заносится илом. Так дело тянулось до 1821 года, когда в управление Астраханским портом вступил энергичный и образованный генерал-майор Орловский. Он нашел, что при недостаточном числе судов Каспийской флотилии большинство астраханских портовых строений было в развалинах, запасов налицо никаких и мастеровых недостаточно. Донося о таком жалком положении порта. Орловский приводил убедительные доказательства о неудобствах строения судов для здешней флотилии в Казани и ходатайствовал о перенесении его в Астрахань и об устройстве здесь адмиралтейства на новом, удобном, избранном им месте, на волжской песчаной косе. Но несмотря на настоятельные представления Орловского и сочувствие к этому делу самого морского министра Моллера, переписка о перенесении судостроения в Астрахань продолжалась три года, и только в 1824 году отпущены были деньги на этот предмет, и явилась возможность приступить к работам.
В 1803 году утверждены были штаты для Охотского порта, по которым начальнику порта, назначаемому из морских офицеров, подчинен был, как коменданту, и самый город. Поэтому начальник порта состоял в подчинении морского министерства и генерал-губернатора Тобольского и Иркутского. По крайне неудобному морскому положению Охотского порта, с давнего времени приискивали для него другое, более удобное место, и так как такого на берегах Охотского моря не оказалось, то в 1812 году военным портом был сделан Петропавловск, находящийся на восточном берегу полуострова Камчатка, куда переведено и морское управление. Охотский же порт, потерявший прежнее значение, только временно посещаем был судами, принимавшими здесь казенные грузы для доставления в Петропавловск.
В Иркутске находилось адмиралтейство, построенное первоначально вне города, но при расширении его вошедшее в городскую черту и окруженное обывательскими домами, которое было в постоянной опасности от пожаров. Кроме того, недостаточная ширина реки представляла неудобство при спуске судов, и поэтому адмиралтейство со всеми его строениями было перенесено за город, за реку Ушаковку. Для постройки и исправлений казенных судов, плавающих по Байкалу, при Иркутском адмиралтействе находилось 3 офицера и около 90 нижних чинов морского ведомства.
Для Балтийского флота линейные суда строились в Петербурге, Архангельске и один 110-пушечный корабль Ростислав – в Кронштадте, для Черноморского флота – в Херсоне, Николаеве и Севастополе, суда для Каспийской флотилии – в Казани. Кроме линейных, на тех же верфях и в других местах строились мелкие суда различных типов. В Сибири, для местных надобностей, небольшие, преимущественно транспортные суда строились в Охотске, а для плавания по озеру Байкалу – в Иркутске.
Всего в первой четверти XIX века построено линейных: 53 корабля и 38 фрегатов; из числа их в Петербургском порту 26 кораблей (в Главном адмиралтействе 22, в Новом 3, на Охте 1) и 33 фрегата (в Главном адмиралтействе 10, в Новом 2, на Охте 11), 1 корабль в Кронштадте и 26 кораблей и 15 фрегатов в Архангельске. В Черноморских портах построено 23 корабля (в Херсоне 16, в Николаеве 7) и 12 фрегатов (в Херсоне 8, в Николаеве 3, в Севастополе 1). Для Каспийской флотилии построено в Казани 12 судов (3 бомбардирских, 4 корвета. 5 бригов) и один бриг в Астрахани.