По занятии Энзили отряд десантных войск, поддерживаемый четырьмя вооруженными шлюпками, выбивая неприятеля штыками из засек и укреплений, дошел по направлению реки до города Перибазара и овладел им. Отсюда начальствующий десантом генерал-майор Завалишин направился к Решту; но непроходимая, испорченная персами дорога, защищаемая неприятелем, значительно превосходившим по силам наш десант, заставила Завалишина отступить, возвратиться на суда и выйти в море. Зайдя к острову Саре для пополнения запаса пресной воды, отряд перешел к Баку. После неуспешных переговоров о сдаче города был свезен десант, и суда начали бомбардировку, на которую крепость отвечала огнем своей артиллерии. Высаженный десант, после упорной защиты бакинцев, овладел командовавшими крепостью высотами, на которые за неимением лошадей орудия перевозили люди. При продолжающейся бомбардировке две бывшие на отряде мортиры разорвало, а снаряды остальных четырех 12-фунтовых пушек не могли сделать сколько-нибудь значительных повреждений трехаршинным массивным стенам крепости. При таком положении осады известие о приближении к Баку идущих на помощь войск кубинского хана заставило десант возвратиться на суда. Зайдя к о. Саре, где Завалишину поручено было оказать содействие в переселении одного дружественного племени, отряд перевез десант к Апшерони, откуда он пошел в Баку для соединения с подходящими к городу войсками князя Цицианова. Бакинский хан согласился сдать город, но, воспользовавшись доверчивостью главнокомандующего, изменнически убил его; осада города прекратилась, и он взят был только в следующем 1806 году.
В 1808 году Каспийская флотилия, укомплектованная уже согласно штатному положению, состояла из 18 судов (2 корвета, 4 брига, 4 люгера, 2 бомбардирских судна, 4 транспорта и 2 гальота), на которых было 136 орудий. В те из последующих годов, в которые флотилия не принимала участия в военных действиях, суда ее, в числе от 5 до 10, крейсеровали у западного и южного берегов моря и перевозили десанты или припасы для сухопутных войск.
В 1813 году, при кровопролитном штурме крепости Ленкорани, гарнизон которой по численности более чем вдвое превосходил нападающий русский отряд, бывший под начальством генерала Котляревского, четыре судна флотилии (корвет, бомбардирское судно, люгер и шхоут) обстреливали крепость, а морской батальон около 400 человек, под командой начальника флотилии капитана 1 ранга Веселаго, участвовал в самом штурме крепости, при котором из 1500 русских выбыло из строя убитыми и ранеными 950 человек. По взятии Ленкорани тяжело раненый Котляревский отправился в Карабаз, поручив крепость в ведение начальника флотилии.
По заключении мира с Персией, когда на Каспийском море военные суда больших размеров сделались ненужными, ограничились постройкой для флотилии только военных бригов и тендеров; но так как присоединение к России значительной части берегов моря требовало перевозки большого количества грузов и людей, то для этой цели строили еще большие транспорты.
Не зная точного содержания трактата, заключенного в Тильзите, английское правительство старалось уверить другие державы, что одной из статей трактата требовалось употребить датский флот против Швеции, и на основании этого, под предлогом помощи королю Густаву, в августе 1807 года в Зунде явился английский флот, состоящий из 33 линейных и 32 других судов, с 20-тысячным десантом. После отказа датчан на требование английского адмирала передать флот, до заключения мира, на сохранение англичанам и допустить в крепости Кронборг и Копенгаген английские гарнизоны началась беспощадная бомбардировка всего города, продолжавшаяся более двух суток, истребившая пожарами половину Копенгагена. От бомбардировки погибло до двух тысяч мирных жителей, в числе которых, конечно, были женщины и дети. Насилие восторжествовало, и следствием этого неожиданного враждебного набега на нейтральную державу была конвенция, по которой датский флот и копенгагенский морской арсенал были сданы англичанам. Между тем, по действительно существовавшим условиям того же Тильзитского трактата, Александр предложил Швеции приступить к континентальной системе и на основании трактата о вооруженном нейтралитете оказать содействие России в охранении Балтийского моря.
По получении уклончивого ответа короля Густава отправлена была нота, выражающая окончательные требования России; одновременно 9 февраля 1808 года наши войска вступили в Финляндию и до открытия навигации, почти не встречая сопротивления, успели занять всю береговую часть от пограничной реки Кюмени в Финском заливе до города Гамле-Карлеби в Ботническом и также Аландские острова.
В крепости Свеаборг, сдавшейся после 12-дневного бомбардирования, взято было 81 судно гребного флота и, по приближении русских, до 70 судов, в разных местах Финляндии, сожжено самими шведами.