Затем французам не нравилось, что одним из командиров кораблей русской эскадры был англичанин Белли, причем сам Сенявин не избегнул обвинения в близких и частых сношениях с англичанами. Особенно же негодование Наполеона мог возбудить нейтралитет русской эскадры в Лиссабоне, находившийся в прямом противоречии с тогдашней политикой Александра.
По возвращении в Россию Сенявин получил береговой пост главного командира Ревельского порта и весной 1813 года оставил службу. Удаление такого адмирала было печальным событием для всего флота и произвело самоё тяжелое впечатление не только на обожавших Сенявина его подчиненных, но и на всех моряков.
План военных действий Черноморского флота заключался в том, чтобы гребная флотилия содействовала, где представится возможность, сухопутной армии, а корабельному флоту предписывалось «
Деятельность судов Черноморского гребного флота, плававших на Дунае и потому называвшихся обыкновенно «Дунайской флотилией», в продолжение всей этой войны находилась в тесной зависимости от движения нашей сухопутной армии, и сама флотилия подчинялась главнокомандующему сухопутными силами. Корабельный же флот оказывал только необходимую помощь гребному флоту в пополнении судов, снаряжении их, исправлении повреждений и комплект товании команд.
Во время движения нашей армии для занятия княжеств Молдавии и Валахии в октябре 1806 г. из Одессы в реку Днестр, под начальством контр-адмирала С. А. Пустошкина, были отправлены 44 канонерские лодки, три мелких парусных судна и транспорт. Эта флотилия должна была содействовать сухопутным войскам при взятии крепости Аккермана. Лучшим доказательством успешного действия флотилии были слова, сказанные пашой, сдавшим крепость начальнику наших сухопутных войск герцогу Ришелье: «
В декабре главнокомандующий армией генерал Михельсен требовал, чтобы гребная флотилия вошла в Дунай, но совет, собранный главным командиром Черноморского флота маркизом де-Траверсе, «
С марта по май 1807 г. наша гребная флотилия, отрядами, начала входить в Дунай, на пути в нескольких местах имела перестрелки с береговыми турецкими батареями и содействовала сухопутным войскам при атаке крепостей Тульчи, Исакчи и Измаила. По случаю перемирия с турками, заключенного в половине августа 1807 г., военные действия приостановились и были возобновлены только в марте 1809 года.
Главнокомандующий армией князь Прозоровский, сознавая важное значение помощи гребной флотилии, обратил на нее особенное внимание и исходатайствовал сумму, на которую построено было в Галаце 20 канонерских барказов, 10 понтонов и 4 катера. С этими судами и судами, взятыми у турок, Дунайская флотилия состояла из 85 судов разных типов: канонерских лодок и барказов бомбардирских. Из числа судов 8 занимали брант-вахтенские посты, а прочие составляли действующую флотилию.
По окончании перемирия, при возобновлении военных действий, осенью 1809 г. Дунайская флотилия, действовавшая совместно с сухопутной армией, оказывала ей существенную помощь, разрушая неприятельские береговые укрепления, нанося сильные поражения располагавшимся близ берега их лагерям и не допуская к месту военных действий турецких судов. Не менее важно и полезно было успешное содействие флотилии при переправе наших войск через Дунай, где ей поручалось наведение и охранение мостов и т. п.; наконец, суда флотилии принимали деятельное участие в атаке и взятии крепостей на берегах Дуная, из числа их важнейшими были Измаил и Браилов.
При бомбардировке и взятии Измаила находилась значительная часть флотилии под начальством капитана 2 ранга Попандопуло; а при осаде Браилова, продолжавшейся слишком 50 дней, флотилия, прекратив все сообщения крепости водой и энергично действуя со стороны реки, также много способствовала сдаче. Взятые в Измаиле и Браилове турецкие военные суда поступили в состав флотилии.