Повреждения, полученные во время плавания судами эскадры Тета, прямо указывали на слабость судовых корпусов и рангоута. Так например, на стопушечном корабле, спущенном только в 1800 году, посла двух выдержанных им штормов оказалось «довольное ослабление» во всех скреплениях, треснуло и поломалось до 40 книц, от движения палуб в них ослабла конопать, «
По освобождении Ионических островов от французов адмиралом Ушаковым и по учреждении Ионической республики, вскоре начались там такие несогласия и беспорядки в делах управления, что для прекращения их признано было необходимым послать в Корфу со стороны России уполномоченного графа Моцениго и усилить наши военные силы. С этой целью, и ввиду возможности войны с Францией, к перевезенным, в 1802 году, войскам из Неаполя в 1804 г. выслана была из Севастополя целая пехотная дивизия, под начальством генерал-майора Анрепа, и некоторые из судов, перевозивших ее, оставлены в Корфу для усиления эскадры Сорокина. Наконец, в том же году пришли из Кронштадта два корабля и два фрегата под начальством капитан-командора Грейга, которому Сорокин и передал командование над всей эскадрой, состоявшей из 5 кораблей, 4 фрегатов и 8 мелких судов: катеров и бригов.
В ноябре 1805 года, когда французские войска стали угрожать Неаполю и когда в помощь генералу Ласси, начальствовавшему неаполитанскими войсками и находившимся там русским отрядом, послан был из Мальты отряд английских войск, из Корфу на судах эскадры Грейга перевезена была в Неаполь дивизия Анрепа. Задержанные долго на пути противными ветрами русская и английская эскадры простояли в Неаполе до января 1806 года и должны были оставить его по изменившимся политическим обстоятельствам: англичане пошли в Сицилию, а русская эскадра отправилась в Корфу. Причиной оставления Неаполя был Пресбургский трактат, по которому неаполитанская королевская династия была низложена, и Австрия признала Иосифа, брата Наполеона, королем обеих Сицилии.
Для защиты Ионической республики от французов и недопущения их утвердиться на берегах Адриатического моря и во владениях Турции, осенью 1805 года из Кронштадта была отправлена эскадра (5 кораблей и 1 фрегат) под начальством вице-адмирала Дмитрия Николаевича Сенявина, с назначением его главнокомандующим в Средиземном море всеми русскими морскими и сухопутными силами. Отмеченный еще Потемкиным за свои выдающиеся способности и энергичную деятельность, Сенявин под начальством Ушакова участвовал в его победах над турками в Черном море и был одним из видных деятелей при освобождении от французов Ионических островов.
Выйдя 10 сентября из Кронштадта, эскадра Сенявина зашла в Портсмут для исправления повреждений, оказавшихся на судах во время перехода, и для запаса всего необходимого к дальнейшему плаванию. По выходе из Портсмута, успешно избежав встречи с поджидавшим эскадру в океане французским флотом, Сенявин 18 января 1806 года благополучно прибыл в Корфу. По принятии от Грейга начальства над, морскими силами и от генерала Ласси над сухопутными, адмирал получил в свое распоряжение эскадру из 44 вымпелов (10 кораблей, 5 фрегатов, 6 корветов, 7 бригов, 2 шебеки, 12 канонерских лодок и 2 транспорта), имевших в сложности около 1200 орудий и до 8 тысяч экипажа и, кроме того, до 12 тысяч человек сухопутных войск.