Так как общий бюджет флота, возросший до 15 миллионов, был отяготителен для государства, то для достижения возможной экономии и также для прочного обеспечения положения флота на будущее время учрежден был особый комитет, которому поручено: «
Новыми штатами судов положено иметь: в Балтийском флоте: линейных 64 (кораблей: 9-100-пушечных, 27-74-пушечных, 9-66-пушечных и 19 фрегатов). В Черноморском флоте: линейных 25 (кораблей: 3-100-пушечных, 9-74-пушечных 3-66-пушечных и 10 фрегатов). В Гребном Балтийском флоте: 12 фрегатов, 30 пловучих батарей, 12 бомбардирских катеров, 200 канонерских лодок, 100 иол, 30 галер, 4 брига и 9 голетов; а в Гребном Черноморском флоте 4 фрегата, 10 пловучих батарей и 100 канонерских лодок.
Для придания единства в управлении морскими силами государства черноморские флоты и порты возвращены попрежнему в подчинение Адмиралтейств-коллегий. В предшествовавшие же годы они находились в управлении новороссийских генерал-губернаторов.
Многие пришедшие в ветхость портовые постройки, исправление которых по случаю военного времени при Екатерине II откладывалось с году на год, при Павле были исправлены, и некоторые необходимые здания возведены новые. Так например, в Главном петербургском адмиралтействе внутреннее (за бывшим каналом) деревянное здание, в котором находились мастерские, начали по частям заменять каменным. Для 9 корабельных элингов, из которых 5 находилось в Главном и 4 в Новом адмиралтействах, повелено сделать шандоры (батопорты) для избежания, при строении каждого корабля, постройки и разборки плотин, закрывающих выход из элинга. Так как в Петербургском порту было очень мало места для выгрузки лесов и хранения судов, приобрели для порта так называемый «Матисовский остров», лежащий при впадении в Неву речки Пряжки. В конце Галерной улицы была устроена корабельная верфь, и образовавшееся адмиралтейство получило название «Новое адмиралтейство», сохранившееся за ним до настоящего времени. В Галерной гавани, в гребном порту, возобновлены постройки, уничтоженные пожаром 796 года. В Кронштадтской военной гавани вместо деревянной стенки строилась каменная, и в адмиралтействе продолжались работы, начатые при Екатерине: кругом адмиралтейства проводили большой канал и при нем строили каменные магазины, возводили каменные флигеля для помещения морских команд и пр.
В Каспийском море со времени экспедиции Войновича находилась значительная флотилия, содержащая военные посты в Астрабаде, Энзели и Баку. Когда же начались переговоры о подданстве Грузии и некоторых ханств, в числе которых были приморские: Бакинское и Талышинское, тогда каспийской флотилии предстояло защищать прибрежье Кавказа. С этой целью в 1794 году предполагали держать отряд флотилии у острова Сары, где и начали устраивать временный порт. Но в 1796 году вместо Сары было найдено более удобным иметь порт в Баку и, вместе с тем, положено усилить флотилию при Астраханском порте 3 фрегатами и 12 ластовыми судами; а при Бакинском – иметь 12 галиотов. По смерти Екатерины, когда войска наши были отозваны из Персии, а Баку не был укреплен за нами никаким трактатом, решили Бакинский порт «