В классах сидели по восьми часов в сутки; утром от 7 до 11 часов проходились математические и морские науки и иностранные языки; вечером от 2 до 6 часов все другие предметы. Кроме учебников математических и морских наук и катехизиса, других печатных руководств не было. Преподавание происходило без программ и правильных переводных экзаменов, и предоставлялось добросовестности учителя. Поэтому, например, случалось, что весь курс всеобщей истории ограничивался только частью древней, русская грамматика оканчивалась именами прилагательными и т. п.
Хозяйственная часть, по взглядам того времени, шла удовлетворительно, потому что давала экономию, конечно, в ущерб многому, а главнейше, здоровью воспитанников. Но в воспитательном отношении, в главных чертах, сохранились те же порядки, какие существовали за пятьдесят лет назад, при основании корпуса. Одним из таких порядков было соединение возрастов: в одной роте, в одних комнатах, жили молодые люди 19, 20 лет и юноши и дети 16 и даже 10 лет. При таком смешении воспитанников естественно между ними господствовало право сильного, и младшие, как слабейшие, поставлены были в необходимость беспрекословно исполнять все требования старших. Исключение составляли только гардемарины, у которых все кадеты, несмотря на возраст и силу, находились в полном подчинении и послушании. Корпусные офицеры дежурили по неделям, и при воспитанниках были только во время обеда, ужина и привода в классы.
Педагогическая заботливость их выражалась преимущественно в розгах, употреблявшихся любителями в варварских размерах. Прежде сечь мог всякий офицер всякого воспитанника, по собственному усмотрению, но потом это право предоставлено было только ротным командирам. Подобные воспитательные приемы, первоначально появившиеся в грубое время основания Навигацкой школы, традиционно передавались от одного поколения воспитателей другому и, видоизменяясь только в своих формах, дошли до карцовского времени. В каждом классе преобразованной из Навигацкой школы Морской академии за порядком наблюдал «дядька», в обязанность которому было поставлено «
Весной, по окончании классных занятий, большую часть младших кадет распускали к родителям и родственникам, а старшие кадеты и все гардемарины отправлялись в плавание на корпусных судах: фрегатах Малый и Урания, бриге Симеон и Анна или на кораблях Балтийского флота. Назначение для гардемаринов отдельного судна, как бриг Феникс, для плавания по портам, нашим и заграничным, было событием исключительным. Кадеты, не ушедшие в плавание, выводились летом, на короткое время, в лагерь на Смоленское поле или на так называемый «лагерный двор», принадлежавший корпусу большой луг, находившийся на углу Большого проспекта Васильевского Острова и 12-й линии.