По существовавшему порядку все находившиеся на корабле штурмана разделялись на три вахты, и каждая из них, в свою очередь, вела шханечный (вахтенный) журнал и делала исчисления независимо одна от другой. Случалось, что при одинаковых в действительности данных результаты исчисления разных вахт получались различные. Для ведения возможно верного исчисления Комитет положил: на каждом судне иметь одного «старшего штурмана», отвечающего за точность исчисления данного пути, и трех подчиненных ему помощников, чередующихся по-вахтенно. Установление такого порядка дало возможность, более чем наполовину, уменьшить число штурманских чинов и оставшимся на службе значительно увеличить жалованье. С учреждением старших штурманов лучшим из них открылась возможность достижения более высоких чинов и, кроме того, в награду отлично служащих положено, по представлению командиров судов и флагманов, переводить во флотские офицеры. При уменьшении числа штурманов значительно уменьшено и число штурманских учеников; а оставшаяся из этого сумма обращена на улучшение хозяйственной и учебной части штурманских училищ, из которых при балтийском училище положено иметь 60 воспитанников для приготовления лоцманов.
К преподаваемым в штурманских училищах предметам: математике, навигации, астрономии, чистописанию, рисованию и черчению Комитет прибавил грамматику, риторику, логику, географию, историю и языки: английский, немецкий и шведский. Кроме того, желающим отличнейшим ученикам должна была преподаваться высшая математика, механика, гидравлика и начала физики. Заведывание всей штурманской частью, т. е. училищем, личным составом служащих штурманов, а также лоц-судами и лоцией положено поручить директору училища.
В штате петербургского и херсонского училищ корабельной архитектуры, приготовляющих корабельных мастеров, механиков, гидравликов и учителей, сделаны изменения, давшие возможность расширить курс учения, лучших учеников посылать для усовершенствования по своей специальности за границу и также назначать в плавание для изучения состояния корабля в море при различных обстоятельствах. Последнее представляло лучшее средство для верной практической оценки справедливости взглядов строителя и также для точного определения, какое влияние на каждое морское качество корабля имеют все особенности его корпуса, вооружения, распределения груза и парусности.
По дороговизне квартир в портах, всем офицерам назначены квартирные деньги, установлен более справедливый порядок баллотировки офицеров при производстве в чины; для улучшения управления флотскими чинами в каждом из портов назначен из флагманов «флотский начальник», при котором состояли эскадр-майор и два адъютанта. Для лучшего ведения судового хозяйства восстановлена, существовавшая при Петре I и Елизавете, должность «судового (корабельного) секретаря», и офицеру, исполнявшему ее, дано название «ревизора».
При комплектовании флота рекрутами положено принимать их от 10 до 25-летнего возраста, причем мальчиков от 10 до 15 лет принимали не более одной пятой части. Некоторые из этих мальчиков летом ходили на судах в звании юнг, а зимой учились грамоте, арифметике и компасу в штурманском училище; другие же распределялись по мастерским и заводам.
В Петербурге, на Охте, основан «Паноптический институт», в котором предполагалось обучать искусных мастеров по всем техническим морским работам и, таким образом, соединить в одном заведении всевозможные искусства и мастерства, необходимые для флота. Вначале в состав этого института поступила мастерская мореходных инструментов (впоследствии переведенная на Ижорские заводы) и заведены вновь мастерская корабельных инструментов, гвоздильный и бумажный заводы. К этому же заведению предполагалось присоединить типографию, парусную фабрику, такелажную, выделку кож, веревок, шитье для нижних чинов обуви и одежды, выделку шляп, помповую, токарную и столярную мастерские.
В Черноморском флоте учреждено «Депо карт», заведывавшее производством морских съемок на Черном и Азовском морях, хранением их карт, книг, чертежей, моделей судов и мореходных инструментов.
Морская медицинская часть, находившаяся в зависимости от Министерства внутренних дел, переведена в Морское министерство, причем улучшено положение врачей, сравненных по правам службы и пенсии с морскими офицерами; всей морской медицинской частью положено управлять генерал-штабс-доктору, подчиненному морскому министру.