В это время Ушакова задерживали в Корфу, кроме исправления судов, еще и враждебные действия Али-паши, почти независимого владетеля Янины, и также интриги Бради, австрийского губернатора Бокко-ди-Катаро, в переписке которого с консулом на острове Занте раскрылось, по словам донесения адмирала, «
В это же время по просьбе Суворова для помощи австрийцам, осаждавшим Геную, Ушаков послал туда отряд из двух кораблей и двух мелких судов под начальством вице-адмирала Павла Васильевича Пустошкина. Главное назначение отряда состояло в том, чтобы прекратить подвоз морем провианта и разных припасов к осаждаемой австрийцами Генуе. Пустошкин на пути, зайдя за какими-то надобностями в Ливорно, задержан был там противным ветром около месяца и в продолжение трехмесячного крейсерства у Генуи нередко и на довольно продолжительное время уходил в Специю. После безуспешной попытки, захватить из-под стен крепости транспорт из 13 судов, Пустошкин, по просьбе осаждавшего Геную генерала Кленау, высадил для пособия австрийцам десант в 200 человек; но приступ был отбит, и наш отряд, оставленный союзниками, пробиваясь сквозь густой строй неприятеля, потерял почти четвертую часть убитыми и взятыми в плен. «
Ушаков, отправив во время пребывания своего в Мессине отряды Сорокина и Пустошкина, перешел с эскадрой в Палермо, где ему в первый раз пришлось встретиться со знаменитым Нельсоном, назначенным главнокомандующим английскими морскими силами в Средиземном море вместо Сен-Винцента. В Палермо присоединилась к Ушакову пришедшая из Англии эскадра контр-адмирала Карцова, 3 корабля и 1 фрегат; союзники же наши, турки, уже в Мессине отказавшиеся итти в отдельные от флота эскадры, теперь решительно требовали возвращения в отечество, и взбунтовавшиеся экипажи вышли из повиновения. При своеобразной турецкой дисциплине, убеждения и угрозы самого Ушакова, явившегося смело на корабль турецкого флагмана Кадырь-Бея, не имели успеха, и, наконец, адмирал поставлен был в необходимость отпустить турецкую эскадру в Константинополь.
Согласно видам нашего правительства, Ушаков хотел отправиться для содействия англичанам в овладении занятого французами острова Мальты, но Нельсон под разными предлогами отклонял его от этого намерения, а король, опасаясь усиления республиканцев, просил не оставлять Италии. В начале сентября Ушаков, из Палермо перешел с эскадрой в Неаполь, имея полномочия короля располагать его войсками, и стал готовиться к овладению Римом и Чивита-Веккией, где еще держались французы. Но когда соединенные неаполитанский и русский отряды двинулись к Риму, находившийся со своим кораблем в Неаполе английский командор Трубридж перешел в Чивита-Веккию и вступил в переговоры с французами, конечно, по приказанию Нельсона, тайно от Ушакова. Поспешив предложить «