Наиболее важная роль в поражении противника с воздуха отводилась 16-й воздушной армии. Ею непосредственно по городу Берлину было произведено 4030 самолето-вылетов, из которых 1175 — ночными бомбардировщиками По-2, 928 — бомбардировщиками Ту-2, Пе-2 и «Бостон»,449 — штурмовиками, 1438 — истребителями. На город было сброшено свыше 1300 тонн бомб разных калибров, включая бомбы ФАБ-1000.
В апреле и за пять дней мая 1945 года авиация 16-й воздушной армии совершила 37 562 самолето-вылета. За тот же период только в полосе действий 1-го Белорусского фронта авиация 16-й, 18-й и частично 4-й воздушных армий произвела 41 965 самолето-вылетов.
В 16-й воздушной армии всего перед началом операции насчитывалось 3037 самолетов, в том числе бомбардировщиков — 533, По-2–151, штурмовиков — 687, истребителей — 1548 и др.
В ходе операции проведен 1101 воздушный бой, в которых было сбито 966 самолетов противника. 55 немецких самолетов уничтожено на земле при нанесении бомбардировочно-штурмовых ударов по аэродромам противника. Всего уничтожено в воздухе и на земле 1021 самолет противника, из которых подтверждено — 791 самолет.
Потери 16-й воздушной армии составили 357 самолетов, из них боевых потерь — 271; потерь, связанных с выполнением боевой задачи, — 41; небоевых потерь — 45 самолетов. Потери летного состава по отношению к потерям материальной части составили 70%.
К сожалению, действия советской авиации в Берлинской операции имели много нареканий со стороны наземных войск. Член Военного совета Группы советских оккупационных войск в Германии генерал-лейтенант К. Ф. Телегин в апреле 1946 года, выступая на научной конференции в Берлине, подчеркнул:
Генерал Телегин подчеркнул, что здесь вина во многом лежала на командовании 16-й воздушной армии, которое не смогло организовать управление авиацией армии с земли, не обеспечило необходимой подготовки летчиков и штурманов. К началу операции 16-я воздушная армия приняла 590 новых экипажей самолетов. Отсюда и трагические инциденты.
Командующий 8-й гвардейской армией генерал-полковник В. И. Чуйков в связи с этим вспоминал:
Об ударах своей авиации по наземным войскам 1-го Белорусского и 1-го Украинского фронтов вспоминали на конференции в 1946 году и другие командармы. Генерал-полковник М. Е. Катуков, командовавший 1-й гвардейской танковой армией, отмечал: