12 сентября 1944 года Представители Правительств СССР, США и Великобритании в ЕКК подписали Протокол Соглашения о зонах оккупации Германии и управлении Большим Берлином. Этот документ устанавливал границы трех зон оккупации. Советская — восточная — зона определялась в статье 2 следующим образом:
«Территория Германии (включая провинцию Восточная Пруссия), расположенная к востоку от линии, проходящей от пункта на берегу Любекского залива, где сходятся границы Шлезвиг-Гольштейна и Мекленбурга, по западной границе Мекленбурга до границы провинции Ганновер, затем по восточной границе Ганновера до границы Брауншвейга, затем по западной границе прусской провинции Саксония до западной границы Ангальт, далее по западной границе Ангальт, затем по западной границе прусской провинции Саксония и западной границе Тюрингии до пересечения ее с баварской границей и далее на восток по северной границе Баварии до чехословацкой границы 1937 года, занимается Вооруженными Силами СССР, за исключением района Берлина, для которого ниже предусматривается особый порядок оккупации».
Границы американской и британской зон оккупации были через месяц уточнены в дополнительном Соглашении к Протоколу. В этом уточняющем документе американцы — в лице своего нового Представителя в ЕКК Ф. Мозли — обеспечили себе гарантии транзита через английскую северо-западную зону к морским портам Бремен и Бремерхафен.
Особое место в Протоколе Соглашения о зонах оккупации Германии заняла проблема управления Берлином. Столица подлежала делению на три зоны, причем под советскую оккупацию попадала северо-восточная часть Большого Берлина — районы Панков, Пренцлауерберг, Митте, Вейсензее, Фридрихсхейн, Лихтенберг, Трептов, Кепеник.
Для совместного управления районом Большого Берлина предусматривалось создание Межсоюзнической комендатуры в составе трех комендантов — представителей военных командований СССР, США и Великобритании.
Наметив принципиальные положения о разделении побежденной Германии на оккупационные зоны, Европейская Консультативная Комиссия выработала и сам контрольный механизм союзников в Германии. 14 ноября 1944 года соответствующее Соглашение между Правительствами СССР, США и Великобритании было подписано в Лондоне.
Основное и принципиальное содержание этого документа выражается в следующем:
«...Статья 1. Верховная власть в Германии будет осуществляться главнокомандующими вооруженных сил СССР, США и Соединенного Королевства, каждым в своей зоне оккупации, по инструкциям своих соответствующих правительству также совместно по вопросам, затрагивающим Германию в целом, действующими в качестве членов верховного контрольного органа, учрежденного по настоящему соглашению...
Статья 3. а) Три главнокомандующих, действуя совместно, образуют верховный контрольный орган, называемый Контрольным советом.
б) В функции Контрольного совета будет входить:
1) обеспечение соответствующей согласованности в действиях главнокомандующих в их соответствующих зонах оккупации;
2) выработка планов и достижение согласованных решений по главным военным, политическим, экономическим и другим вопросам, общим для всей Германии, на основании инструкций, получаемых каждым главнокомандующим от своего правительства;
3) контролирование германской центральной администрации, которая будет действовать под руководством Контрольного совета и будет нести перед ним ответственность за обеспечение выполнения его требований;
4) руководство через соответствующие органы администрацией Большого Берлина.
в) Заседания Контрольного совета будут созываться не реже одного раза в десять дней и в любое время по просьбе какого-либо из его членов. Решения Контрольного совета должны быть единогласными. Обязанности председателя Контрольного совета будут выполняться по очереди каждым из его трех членов...
Статья 4. При Контрольном совете будет создан постоянно действующий Комитет по координации, состоящий из трех представителей в звании не ниже генерала или ему соответствующих в военно-морских и военно-воздушных силах, по одному от каждого из трех главнокомандующих. Члены Комитета по координации, когда понадобится, будут присутствовать на заседаниях Контрольного совета.
Статья 5. В задачи этого Комитета по координации от имени Контрольного совета и через контролирующий аппарат будет входить:
а) проведение в жизнь решений Контрольного совета;
б) повседневное наблюдение и контроль за деятельностью соответствующих органов германской центральной администрации и учреждений;
в) согласование текущих вопросов, требующих единообразных мероприятий во всех трех зонах;
г) предварительное рассмотрение и подработка для Контрольного совета всех вопросов, поднимаемых отдельными главнокомандующими...