Поэтому выделение Генерального штаба из состава военного министерства явилось крупной ошибкой, имевшей следствием подрыв боеспособности Вооруженных Сил Российской империи. Как считает современный ученый, «этот акт, фактически разрушивший в критическое время систему стратегического управления, явился без преувеличения одним из факторов, определивших поражение России в Первой мировой войне и возникновение революционной ситуации в стране в 1917 году»[350]. Лишь в 1909 году Генштаб вернулся в военное министерство. Эту реорганизацию провел новый военный министр ген. В.А. Сухомлинов, назначенный на свой пост в марте 1909 года, а до того, в декабре 1908 года, сменивший ген. Ф.Ф. Палицына в должности начальника Главного управления Генерального штаба.
Другой главной задачей Совета государственной обороны являлась чистка командного состава по результатам русско-японской войны 1904 — 1905 гг. По рекомендации Совета государственной обороны назначались высшие начальствующие лица не только в военном ведомстве, но и в ряде гражданских служб. Военный министр А.Ф. Редигер в своих воспоминаниях писал: «Во все царствование императора Александра III военным министром был Ванновский, и во все это время в военном ведомстве царил страшный застой. Что это была вина самого ли государя или Ванновского, я не знаю, но последствия этого застоя были ужасны. Людей неспособных и дряхлых не увольняли, назначение шло по старшинству, способные люди не выдвигались, а двигаясь по линии, утрачивали интерес к службе, инициативу и энергию, а когда добирались до высших должностей, они уже мало отличались от окружающей массы посредственностей. Этой ужасной системой объясняется и ужасный состав начальствующих лиц как к концу царствования Александра III, так и впоследствии, во время японской войны». А последний военный министр Временного правительства характеризовал русский командный состав, начиная со времен А.А. Аракчеева, следующим образом: «Весь командный состав воспитывается лишь на слепом исполнении воли начальника. Если подчиненный все делает согласно уставу и приказам, то, как бы плохо ни вышло, его никто не имеет права обвинить. Он прав, он забронирован. Но если, избави Бог, офицер сделает что-либо, отступя от правил по собственному почину, и по случайному стечению обстоятельств выйдет неудачно, то можно быть уверенным, что человек погиб навсегда. Самоволия ему не простят. Естественно, что в такой психологической обстановке не может воспитаться настоящий командный состав — победитель»[351].
Для решения кадрового вопроса при Совете государственной обороны была учреждена Высшая Аттестационная комиссия, которая рассматривала кандидатов на генеральские посты: командиров армий, корпусов, дивизий и бригад. Комиссия обсуждала эти кандидатуры и очищала армию от генералов, бездарно проявивших себя в период русско-японской войны. Проведенная Советом государственной обороны чистка армии, несмотря на свою незавершенность, все-таки убрала из войск массу негодного генералитета.
Кроме того, великий князь Николай Николаевич, одновременно командовавший Гвардией, перевел в гвардейские полки ряд армейских офицеров, отличившихся в период русско-японской войны 1904 — 1905 гг., куда прежде путь им был закрыт. Самый яркий и показательный пример здесь — ген. П.А. Лечицкий, который в Маньчжурии командовал 24-м Восточно-Сибирским стрелковым полком. Несмотря на то что генерал Лечицкий даже не имел высшего военного образования, а принадлежность к составу корпуса Генерального штаба считалась одним из необходимых условий продвижения по службе в генеральских чинах, в 1906 году он уже командовал 1-й гвардейской пехотной дивизией. Можно сказать, что будущий командир Гвардии в 1914 — 1916 гг. ген. В.М. Безобразов также не оканчивал Николаевской Академии Генерального штаба. Но если генерал Безобразов происходил из стародворянской служилой семьи и закончил Пажеский корпус, то генерал Лечицкий был сыном священника. И если ген. В.М. Безобразов не самым лучшим образом проявил себя в Первой мировой войне, то командарм-9 ген. П.А. Лечицкий стал одним из лучших русских командармов Первой мировой войны. В выдвижении выдающихся армейцев, таким образом, лежит исключительная заслуга великого князя Николая Николаевича. Ген Н.Н. Головин указывает: «Заслуга перед Россией великого князя Николая Николаевича в довоенный период велика: он задержал процесс разложения, который исходил от Сухомлинова, и если наши перволинейные войска оказались на столь высокой ступени, то этим Россия во многом обязана Главнокомандующему Петербургского военного округа. Сухомлинов был бессилен против него, а остальные военные округа стремились держаться на уровне Петербургского».