9 мая 1919 года Советское правительство Украины объявило Григорьева и его сторонников вне закона: «Кто идет за Григорьевым, кто подстрекает к бунту против Советской власти, предатель и должен быть убит на месте. Солдаты Красной Армии! Бунт Григорьева - проклятая каинова измена. Да будет ему судьба Каина!»
Всего 14 дней потребовалось Красной Армии, чтобы ликвидировать мятеж. Многие из полков Григорьева вскоре поняли антинародную суть мятежа и при первых же столкновениях с частями Красной Армии большими группами переходили на их сторону. А самое главное - мятежников не поддержали крестьяне. Побоялся в тот момент пойти на прямой конфликт с Советской властью и Махно.
Однако мятеж, хотя и столь быстро ликвидированный, имел тяжелые последствия для Южного фронта. Вместо того чтобы продолжать наступление в Бессарабии, пришлось перейти к обороне. Румынские войска активизировались и нанесли удар в направлении Беляевки. Цель очевидна: захватить водопроводную станцию и, оставив без воды Одессу, вынудить ее к капитуляции. Первый Приднестровский полк и конный отряд Котовского отбивали атаки румынских войск, не давая им продвигаться вперед. Ни одной переправы румынам так и не удалось захватить, хотя они предпринимали отчаянные попытки, бросали в бой все новые и новые силы.
В тяжелые дни оборонительных боев был совершен и невероятной дерзости рейд на Бендеры. На рассвете 27 мая 1919 года отряд добровольцев численностью всего 120 человек скрытно переправился через Днестр и внезапно ворвался в город. В этот момент в Бендерах восстали рабочие, на сторону которых перешла часть французских солдат. Все произошло так неожиданно для оккупантов, что они, поспешно бросив оружие, боевую технику, в панике отступили.
Командование Южного фронта вновь начало готовить наступление на Бессарабию и Буковину с целью полного их освобождения. Накапливались силы, концентрировалась боевая техника, отрабатывались планы операции. 12 июня 1919 года состоялось объединенное заседание командования войск и представителей Советской власти в Тирасполе и прилегающих к нему районов. Шел разговор о состоянии готовности частей Красной Армии, железнодорожного и гужевого транспорта к освободительным боям, об организации снабжения войск боеприпасами, оружием, продовольствием и фуражом. Котовский в своем выступлении охарактеризовал политическое и в особенности военное положение как крайне неустойчивое. Требуется сплочение всех революционных сил, организация скорейшего наступления на Бессарабию до начала жатвы, а также с учетом того, что неприятель не смог пока что подтянуть резервы.
Григорий Иванович в те дни занимался формированием воинских частей, проводил митинги и в самом Тирасполе, и в селах Приднестровья, обращаясь к рабочим и крестьянам с призывом добровольно вступать в ряды Красной Армии. Кроме того, он выезжал в Одессу и Раздельную, проводил совещания с железнодорожниками, которые должны были обеспечить бесперебойную работу.
К середине лета 1919 года закончилось формирование 45-й стрелковой дивизии. Командование дивизией принял Иона Эммануилович Якир. В состав дивизии вошли прославленный 5-й Заамурский полк, солдаты которого еще в грозные предоктябрьские дни решительно встали на сторону революции, 1-й Бессарабский, Приднестровский полк, а также отряд Котовского.
Григорий Иванович Котовский, приказом по дивизии от 3 июля 1919 года, назначен был командиром 2-й стрелковой бригады. Она состояла из 400, 401 и 402-го стрелковых полков, которыми командовали Колесников, Курковский, Криворучко. Кроме того, в бригаду вошли бывший конный отряд Котовского, реорганизованный в кавдивизион, легкий артдивизион, несколько партизанских отрядов из Бессарабии, Подолии, Причерноморья. И хотя основу бригады составляли молдаване, в нее входили и русские, украинцы, поляки, венгры, сербы.
Начальником штаба бригады назначили А. Каменского, который вместе с Котовским нес оборону Кишинева в январе 1918 года. Каменский умело командовал тогда одним из отрядов. Отличался он и личной завидной храбростью. Позднее Каменский исполнял обязанности начальника штаба 3-й Особой революционной армии.
Помогал готовить бригаду к боям комиссар Исай Павлович Шмидт - товарищ Котовского по одесской тюрьме и подполью. Член партии большевиков с 1917 года, умелый воспитатель, Шмидт сразу же завоевал большой авторитет среди бойцов и командиров бригады. К его советам, к его рекомендациям охотно прислушивался и Григорий Иванович.