Осенью 1918 года контрразведка оккупантов нанесла ощутимый удар по подполью - многие руководители большевистского областкома, Военно-революционного комитета были арестованы.
В октябре 1918 года Яков Михайлович Свердлов пригласил Елену Соколовскую, Ивана Федоровича Смирнова, Ивана Евдокимовича Клименко, рассказал им о положении в Одессе. Там, по существу, обезглавлена партийная организация. Чтобы избежать полного провала, ЦК разрешил оставшимся на свободе членам областкома временно уехать из города и укрыться в надежных местах в деревнях, где они оказались бы в безопасности.
Яков Михайлович предложил всем троим выехать как можно скорее в Одессу и возглавить подпольный областном. И вот Иван Смирнов стал купцом Николаем Ласточкиным, Соколовская - Еленой Светловой, Иван Клименко - товарищем Сергеем.
Новый областном во главе с профессиональными революционерами вскоре наладил широкую и активную агитационно-пропагандистскую работу среди иностранных военных моряков и солдат и среди солдат Добровольческой армии. Принимал областном меры и к тому, чтобы увеличить боевой отряд Котовского. Вопрос военно-диверсионной работы обсуждался на заседании ревкома, было принято решение, официально подтверждающее подчинение отряда численностью 250 вооруженных бойцов революционному комитету обкома. Котовскому этим решением рекомендовалось довести отряд до 500 человек.
Отряд увеличился вдвое и успешно продолжал боевую работу. В состав нового пополнения деникинской контрразведке удалось внедрить своего осведомителя и по его доносу арестовать ближайших помощников Котовского. Близки деникинцы были и к тому, чтобы захватить и самого Григория Ивановича. Однако и его и всех оставшихся руководителей отряда успели предупредить, они сразу же сменили явки, пароли, выявили провокатора и днем прямо на улице расстреляли его. А ночью штурмом взяли тюрьму, освободили и своих товарищей, и всех политических заключенных.
О всех диверсиях Котовский докладывал Смирнову, они вместе обсуждали планы новых боевых выступлений. К тому времени не только в Одессе, а по всему югу Украины поднималась могучая волна народного протеста. В Приднестровье и в Балтском уезде появились крупные партизанские отряды. Один из них, которым командовали И.К. Дьячишин и Г.И. Старый, насчитывал до 10 тысяч бойцов. Он освободил Балту и Бирзулу и с боями продвигался к Одессе.
Подняли батраков и рабочих на борьбу с белогвардейцами и интервентами Белаевский и Маякский ревкомы. Созданные в тех районах крупные отряды также готовились к походу на Одессу. В этих условиях отряд Котовского решал одну из главных задач - обеспечение повстанческих отрядов оружием и боеприпасами.
Момент для всеобщего восстания Одесский областком выбрал самый подходящий. В Германии революция. Вот и спешили солдаты немецкой армии домой. Одни, чтобы встать на сторону революционного народа, другие, чтобы поскорей потопить революцию в крови. Как только эшелоны с немецкими войсками ушли из Одессы, в городе разгорелась борьба за власть. 11 декабря петлюровцы вытеснили добровольцев-деникинцев, однако те не хотели уступать директории.
Большевики решили использовать этот момент и поднять трудовой народ Одессы на восстание. К нему шла интенсивная подготовка. Но большевикам приходилось бороться не только с националистами и белогвардейцами, а и с меньшевиками и эсерами. 12 декабря 1918 года эсеры организовали в цирке митинг для поддержки директории. Большевики сорвали его. С риском для жизни (полиция и петлюровцы продолжали зверствовать) большевики вступили в открытую дискуссию с эсеро-меньшевистскими ораторами. Особенно страстной была речь Ивана Клименко. Он говорил об опасной для судеб революции предательской политике украинских националистов и не менее опасных действиях соглашательских партий; он призывал поддержать Советы и Красную Армию. А в это время Григорий Иванович Котовский, который тоже присутствовал на митинге, разбрасывал с галерки большевистские прокламации.
Собравшиеся на митинг рабочие поддержали большевиков. Разгневанные тем, что эсеро-меньшевистские лидеры пытались обмануть их и руками трудящихся поддержать антинародный режим, участники митинга построились в колонну и направились к полицейскому участку. Колонна росла, к ней присоединялись все новые группы трудящихся, и когда демонстранты наводнили окрестные улицы и потребовали освободить политзаключенных, которые находились в камерах полицейского участка, их требования деникинцы выполнили немедленно.
Отряд Котовского в это время штурмом взял тюрьму и тоже освободил всех политических заключенных.