Однако в 1910 году по требованию председателя оборонной комиссии Государственной думы А. И. Гучкова и председателя Совета министров П. А. Столыпина была проведена сенатская ревизия интендантского ведомства. Ревизоры столкнулись с немалыми трудностями. Интенданты отказывались предоставлять накладные на закупки, заявляя, что они то ли находятся в штабе Сибирского военного округа в Иркутске, то ли были изъедены мышами, то ли сгорели во время войны. Выяснилось, что в архиве управления транспортом 1-й Маньчжурской армии отсутствует отчетность на семь миллионов рублей. Тогда ревизоры без согласия интендантов произвели выемку документов по поставкам в армию во время Русско-японской войны. Выяснилось, что закупочные цены на продовольствие были значительно завышены. Сенатская комиссия вызвала Ухач-Огоровича на допрос, однако тот, сославшись на занятость военно-патриотическими делами, явиться отказался. Но вскоре в Петербурге был задержан уголовник Яков Персии, который во время Русско-японской войны состоял в должности начальника агентурной разведки 1-й Маньчжурской армии и непосредственно подчинялся Ухач-Огоровичу. На допросах он подробно рассказал о махинациях своего шефа. Благодаря показаниям Персица был арестован Иоселиани, который поведал о транспортных махинациях Ухач-Огоровича. Показания дал и бывший главный ветеринар Маньчжурской армии Григорий Веревкин, который освидетельствовал лошадей, закупаемых у местного населения за небольшую долю от преступных доходов. Сенатская комиссия вновь пригласила Ухач-Огоровича в Петербург, но он опять отказался явиться. Тогда на допрос был вызван бывший командующий 1-й Маньчжурской армией генерал А. Н. Куропаткин, который сообщил, что на Ухач-Огоровича неоднократно поступали жалобы, но никаких мер по их рассмотрению предпринято не было. А самым важным доказательством против Ухач-Огоровича стала записная книжка генерала, обнаруженная во время обыска у его любовницы Фитингоф. Молва утверждала, что, мстя неверному любовнику, Фитингоф выкрала его записную книжку и сама сдала ее в полицию. В этой книжке Николай Александрович записывал все денежные поступления на свой счет. За период Русско-японской войны они составили 1 миллион 125 тысяч рублей.
В 1911 году Ухач-Огорович был арестован прямо на благотворительном базаре. На следствие оказывалось сильное давление. Боевые генералы, знакомые Ухач-Огоровича, которых он всегда хлебосольно угощал, требовали остановить преследования талантливого военного теоретика, патриота, наставника будущих офицеров. Ухач-Огорович действительно был автором нескольких военно-исторических и военно-теоретических работ. Так, в 1908 году в Киеве вышла его книга «Набег на Инькоу», а в 1909 году, также в Киеве, была издана брошюра под забавным названием «Вьючные носилки системы генерал-майора Ухач-Огоровича в Русско-японскую войну». В 1911 году, еще до ареста, генерал успел издать два капитальных труда «Манчьжурский театр военных действий в период Русско-японской войны 1904–1905 годов» и «Психология толпы и армии». 10 сентября 1912 года генерал-майор в отставке Н. А. Ухач-Огорович был наконец предан военному суду, который приговорил его к разжалованию, лишению орденов и дворянства, ссылке на три с половиной года в арестантские роты и штрафу в 157 тысяч рублей. Не исключено, что с Ухач-Огоровичем Котовский познакомился в тюрьме, или на каторге, или после побега оттуда. Во всяком случае, дело Ухач-Огоровича было весьма шумным и хорошо известным в уголовном мире. Ведь Николай Александрович стал единственным русским генералом, привлеченным к ответственности за многомиллионные хищения в интендантском ведомстве в период Русско-японской войны. Между тем, судя по имеющимся данным, Ухач-Огорович похитил значительно больше, чем 1 миллион 125 тысяч рублей, указанных в его записной книжке. Не исключено, что часть награбленного он раздавал другим генералам, благодаря чему оставался на хорошем счету у начальства. Но вряд ли суммы розданного исчислялись в миллионах рублей. Можно предположить, что Николай Александрович припрятал несколько миллионов рублей. А штраф в 157 тысяч рублей был для него все равно что насморк покойнику.
После революции Ухач-Огорович предложил свои услуги большевикам. Поскольку чина генерал-майора его лишили по суду, Николай Александрович счел возможным назваться полковником Генерального штаба, хотя на самом деле был лишен всех чинов и орденов. Большевики его услуги охотно приняли. Уголовное прошлое Ухач-Огоровича их не только не смущало, но, наоборот, делало его до определенной степени «социально близким» и гарантировало от измены. Ведь в Добровольческой армии Николаю Александровичу делать было нечего. Там ему не только никто руки бы не подал, но и пристрелить запросто могли.