Яковлев со специальным отрядом прибыл в Тобольск в 20-х числах апреля. Он никому не говорил о том, куда повезет Романовых. И это, конечно, больше всего волновало уральцев. С самого начала они заподозрили его в стремлении уклониться от екатеринбургского маршрута, а их поведение, в свою очередь, явно нервировало Яковлева. В результате от Тюмени поезд с Николаем Романовым, его женой и дочерью Марией (остальные члены семьи временно, в связи с болезнью Алексея, остались в Тобольске) по приказу комиссара пошел не на Екатеринбург, а повернул в направлении к Омску.
Уральцы тут же объявили Яковлева изменником делу революции. Свердлов в Москве оказался под перекрестным телеграфным обстрелом: с Урала требовали от него выполнения договоренности о доставке Романовых в Екатеринбург, Яковлев из Омска сообщал об угрозе для «груза», возникшей из-за безответственных действий уральцев.
Только получив твердые заверения исполкома Уралсовета в том, что Романовы не подвергнутся насилию и всю ответственность за это он берет на себя, Свердлов приказал Яковлеву двигаться в Екатеринбург.
Драматическая миссия Яковлева закончилась. Бывший царь, его жена и дочь с некоторыми приближенными были помещены в особняк, конфискованный у инженера Ипатьева, который в официальных документах стал именоваться Домом особого назначения. В конце мая сюда же были доставлены из Тобольска и остальные члены семьи Романовых. Они пробыли здесь до роковой ночи с 16 на 17 июля[40].
Екатеринбург был взят белыми через неделю — 25 июля. Вскоре началось следствие. Вначале его вели Наметкин и Сергеев, затем они были отстранены по подозрению в «левизне» и следствие повел монархист Н. Соколов, назначенный лично Верховным правителем А. Колчаком[41]. Он и установил факт расстрела. При каких же обстоятельствах произошел этот страшный расстрел в Екатеринбурге, кто решил применить к Романовым эту крайнюю меру?
Существуют две версии ответа на этот, пожалуй главный, вопрос. Одну выдвинул следователь Н. Соколов, вслед за которым она повторялась и повторяется во многих зарубежных изданиях. Суть ее сводится к следующему: Романовы были расстреляны по секретной директиве Москвы. Чтобы доказать это, Соколов проделал гигантскую работу. Ее юридический, следовательский характер был, однако, пронизан политической тенденциозностью. Соколов стремился скомпрометировать революцию, большевизм. Все, кто был так или иначе причастен к Дому особого назначения, представлялись им монстрами, криминальными типами, подвергавшими узников издевательствам и оскорблениям. Но есть другие свидетельства. Павел Медведев, состоявший в охране Ипатьевского особняка, а позднее попавший в плен к белым под Пермью, поплатился жизнью за попытку восстановить правду. Неопознанный, он лежал в госпитале и, слыша, как медицинская сестра рассказывала солдатам об ужасах, творившихся в доме Ипатьева, не выдержал. «Это неправда, сестра, — сказал он, — Я был там, к ним относились хорошо». В соответствии с проскрипционным списком, составленным Соколовым, П. Медведев был доставлен к нему, допрошен «с пристрастием» и позднее умер в омской тюрьме.