По приказу Генриха де Гиза Католическая лига взялась за оружие. В марте 1585 года Маргарита заявила, что в Нераке ей оставаться небезопасно. Тем более что ее муж по решению Рима только что был отлучен от церкви. Неожиданно Маргарита решила покинуть Нерак и супруга и отправиться в Ажан — одно из своих владений.
Так в тридцать два года Маргарита стала готовить государственный мятеж.
Графиня Ажанская — таков новый титул Маргариты — въехала в свой город безо всякой помпы. В карете с ней находились всего две или три дамы, примерно столько же всадников сопровождали экипаж. Она остановилась на улице Аве-Мария в доме Пьера де Комбефора, увенчанном острым шпилем и башенками по бокам.
Ее двор также покинул Нерак и выехал вслед за госпожой. В Ажан стали стекаться многочисленные окрестные дворяне-католики. Королева пробыла в своей маленькой столице около четырех месяцев. Жители, в большинстве своем добрые католики, естественно, настроенные враждебно к еретику Генриху Наваррскому, встретили ее весьма радушно. Чтобы укрепить их доброе отношение к себе, Маргарита каждый день посещала мессу. Выйдя из церкви, она щедро раздавала подаяния. Не скупился на расходы и ее двор, благодаря чему мелкие торговцы стали неожиданно процветать. Маргарита вновь взяла к себе фрейлиной мадам де Дюрас, чтобы еще и этим уколоть брата.
Она потребовала предоставить ей ключи от города и крепости, упразднила муниципальные привилегии и принялась всячески укреплять свою столицу. Открыто объявила себя членом Святой Католической лиги, перестала величать мужа королем и пренебрежительно именовала его просто «князем Беарна». Она отказалась от титула королевы Наваррской и свои ордонансы теперь подписывала именем Маргариты Французской. День ото дня укреплялись ее секретные связи с герцогом де Гизом, Католической лигой и Филиппом II, королем Испании. Под началом «графини Ажанской» было двенадцать сотен вооруженных людей, а Робер де Линьерак, байи из горной Оверни, привел к ней небольшой отряд кавалерии.
Маргарите стало известно, что маршал де Матиньон, наместник французского короля в Гиени, намерен выступить против нее. Она назначила де Линьерака командиром своего ажанского войска, а его заместителем сделала графа де Дюраса, мужа «особы крайне распутного поведения». Вдвоем они провели несколько операций против соседних городков, в которых стояли гарнизоны короля Наварры… в общем, муж и жена открыли боевые действия друг против друга.
Сначала Маргарита захватила Тоннен и оставила там свой гарнизон, но Генрих Наваррский осадил город и разгромил его новых защитников. То же самое произошло в Вильневе. Находилось немало людей, утверждавших, что видели Маргариту в Тоннене… другие возражали, мол, «сама королева на войну не ходит». Как бы там ни было, королева Екатерина пришла в ужас от крамольных поступков дочери: «Я вижу, что этим своим творением Господь наказал меня за грехи, столько каждый день она причиняет мне горя. Она мой бич в этом мире».
Но война стоит дорого. Герцог де Гиз попросил у короля Испании для бывшей любовницы, ставшей его союзницей, помощь в размере пятидесяти тысяч экю, но из-за Пиренеев она так ничего и не получила. «Графиня Ажанская» принялась за гугенотов: дома их подверглись экспроприациям и грабежам. Естественно, что полученных таким образом средств не хватало. Для того чтобы пополнить опустевшую казну графства, были учреждены новые налоги. Наемники в гарнизонах оплачивались столь скудно, что сами принялись за грабежи. Их наводившие ужас орды опустошали окрестности, и не было таких «дерзостей», перед которыми они бы остановились. Три солдата изнасиловали женщину на глазах у ее мужа. На этот раз «графиня» решила навести порядок: насильникам отрубили головы и выставили их на всеобщее обозрение у городских ворот Порт дю Пен. Но недовольство уже стало всеобщим. Назревал бунт. К тому же начинался голод, в полях принялись срезать еще зеленый хлеб. В довершение всех бед разразилась чума, Ажан схоронил от пятнадцати до восемнадцати тысяч жертв эпидемии… А эпидемия разрасталась, несмотря на многочисленные молебны, паломничества и торжественные мессы.
И вдруг…
Когда счет захваченных Католической лигой королевских городов превысил меру терпения, Генриху III пришлось согласиться на переговоры. 23 июля 1585 года фанфары на улицах Ажана возвестили о заключении Немурского мира. Маргарите пришлось, скрепя сердце, присутствовать на молебне Te Deum.
Однако Немурский мир не положил конец войне между королем Франции и «графиней Ажанской». Маргарита не чувствовала себя побежденной. Два короля против нее — брат и муж, — ну что ж, она принимает их вызов!
И конфликт продолжал тлеть.