В начале XVI столетия в падуанском университете преподавание математики и астрономии стояло на весьма низкой ступени. Тем более было естественно со стороны Коперника войти в личный контакт с Фракасторо. Беседы и научные споры с Фракасторо сыграли некоторую роль в эволюции космологических воззрений Николая Коперника.
В падуанском университете Коперник оставался до 1503 года; он закончил там свое юридическое образование и вполне хорошо подготовился к экзамену на степень доктора церковного права. Для получения докторской степени он отправился в город Феррару. Причины, почему Коперник выбрал небольшой университет в Ферраре, нам неясны. Быть может, здесь играл роль денежный вопрос: в Ферраре получение ученой степени было сопряжено с меньшими денежными расходами. Кроме этого, испытания в Ферраре были легче, нежели в Падуе или в Болонье. 31 мая 1503 года во дворце архиепископа в Ферраре состоялась торжественная церемония присуждения Николаю Копернику докторской степени. О подробностях этой церемонии имеются совершенно точные указания в тексте диплома, выданного Николаю Копернику и найденного в архиве феррарского университета:
«Лета 1503 в последний день мая месяца (т. е. 31 мая) в Ферраре, в епископском дворце, в присутствии приглашенных и вызванных свидетелей, а именно: славного господина Иоанна Андрея Лазариса, высокочтимого ректора юридического факультета в Ферраре, Бартоломея де Сильвестрис, гражданина и нотариуса феррарского, Лудовико Балдасара де Регио, гражданина феррарского, и других.
Достойнейший и ученейший муж, господин Николай Коперник, из Пруссии, каноник Вармийский, который изучал науки в Болонье и в Падуе, был признан вполне удовлетворительным в знании канонического права и награжден знаками докторского достоинства господином Георгием, викарием».
Церемония присуждения докторского звания заключалась в следующем: нового доктора приводили к присяге, затем председательствовавший на диспуте или другое лицо (по выбору факультета) давало ему «поцелуй мира» и вручало знаки докторского достоинства: книгу, как символ научного знания предмета, золотое кольцо и докторскую широкополую шляпу. Эта церемония была проделана и с Коперником.
Ряд биографов Коперника, основываясь на сообщении Гассенди, утверждает, что Коперник еще в 1502 году возвратился в Польшу и стал профессором краковского университета. Новейшие документальные данные рисуют нам дело иначе. Мы уже видели, что весной 1503 года Коперник получил докторскую степень в Ферраре. По получении степени Коперник оставался еще некоторое время в Ферраре. Здесь он завязал ряд интересных для него знакомств; между прочим, он, вероятно, уже в Ферраре сблизился с молодым ученым Целио Кальканьини, который впоследствии стал ревностным сторонником учения Коперника. Кальканьини окончил университет на шесть лет раньше Николая Коперника. Уже до 1536 года Кальканьини написал небольшое сочинение под заглавием: «Почему небо стоит, а Земля движется». Эта брошюра появилась за семь лет до появления книги Коперника «Об обращениях небесных кругов»; в этом нет ничего удивительного, так как работа Коперника много лет оставалась неопубликованной, но близким Копернику людям мысли, в ней изложенные, были известны еще до ее напечатания.
В Ферраре Коперник оставался до осени. Затем он возвратился в Падую, чтобы продолжить, или, вернее, начать занятия по медицине, как было обещано им членам Эрмеландского капитула. Собственно говоря, срок его отпуска для учения кончился, но, очевидно, уезжать из Италии ему не хотелось. И вот еще почти целых два года он остается в Падуе; очевидно, дядя-епископ, всегдашний покровитель Коперника, устроил так, чтобы любимого племянника еще некоторое время не беспокоили. Вспоминая все то, что было уже нами сказано о пребывании Коперника в итальянских университетах, можно сделать вывод, что будущий великий реформатор астрономии особенного влечения к изучению не только юридических наук, но и медицины не имел.
Да и тогдашнее изучение медицины не могло удовлетворять такого человека, как Коперник. Курсы анатомии в то время состояли главным образом в том, что профессора «с кафедры» читали сочинения Галена или Мондини, переводчика и комментатора Галена. Гален был знаменитый римский врач (131–200 гг. н. э.). Телеологическая точка зрения, характерная для Галена, очень подходила к церковному учению о мире и человеке. Поэтому церковь всячески поддерживала учение Галена, и вся средневековая медицина покоится на этом учении.
В начале XVI столетия лекции по медицине обычно располагались в таком порядке.