В июне 1946 г. генерал-майор Питовранов был отозван в Москву. Видимо, у него за годы войны сложились хорошие отношения с новым руководством МГБ — министром Виктором Семеновичем Абакумовым и его первым заместителем Сергеем Ивановичем Огольцовым, предшественником Питовранова в Куйбышеве. 15 июня 1946 г. Евгений Петрович был назначен заместителем начальника 2-го Главного (контрразведывательного) управления МГБ СССР. 7 сентября 1946 г. он сменил Федотова на посту начальника контрразведки. Ему был тогда 31 год, в то время таких молодых сотрудников на таких постах почти не было (в отличие от 20-х годов, когда Артузов стал начальником КРО в 31 год, а Ольский — в 29 лет). Несомненно, новое назначение Питовранова было санкционировано лично Сталиным.
Для контрразведчиков война против антисоветских националистических формирований (особенно на Западной Украине и в Прибалтике) не закончилась 9 мая 1945 года. Во 2-м ГУ было создано управление 2-Н по борьбе с националистами (аналогичные управления появились в составе МГБ Украинской и Литовской ССР, в МГБ Белорусской, Латвийской и Эстонской ССР — отделы 2-Н). В апреле 1947 г. был издан приказ МГБ «Об усилении борьбы с националистическим подпольем и его вооруженными бандами в Украинской ССР».
Масштаб борьбы выражен следующими цифрами. Только в 1946 г. в Станиславской (ныне Ивано-Франковской) области Западной Украины органами госбезопасности были полностью разгромлены 184 подпольные организации и 96 бандгрупп, входивших в «Организацию украинских националистов» (ОУН); убито и обезврежено более 10 тыс. бандитов, среди которых 571 человек — из числа руководящего состава ОУН и «Украинской повстанческой армии» (УПА). В течение того же года в Львовской области были вскрыты и ликвидированы 198 бандитских групп и подпольных организаций, убито 1728 бандитов, захвачено 5319, арестовано 1119, явилось с повинной -595 бандитов.
В 1946 г. на территории Латвии в ходе чекистских операций было убито 338 бандитов, захвачено 3642, добровольно сдались властям — 2569 человек.
С 1 октября 1946 г. по 1 марта 1947 г. в Литве были вскрыты и ликвидированы 136 подпольных организаций и групп, убито 776 бандитов и арестовано свыше 3 тыс. человек из числа бандпособников и антисоветских элементов, сложили оружие — 584 человека.
В Эстонии чекистам удалось разгромить несколько крупных банд и ликвидировать подпольную группу во главе с резидентом американской разведки Р. Салисте.
А всего, по данным историка В.Ф. Некрасова, в 1946–1951 гг. в западных областях Украины, Белоруссии и Прибалтийских республиках в результате операций органов госбезопасности было убито и ранено 26226, и захвачено в плен — 69834 человека. Изъято оружия: пулеметов — 3053, автоматов — 12998, винтовок — 24169, пистолетов — 16995 и гранат — 26200 единиц, а также — 472 661 штук патронов.
В операциях в Латвии Питовранов принимал личное участие. Об одном из эпизодов «тайной войны» рассказал А.В. Киселев:
По способу диверсий и использованным средствам подозрение пало на особо дерзкую группу боевиков, которой командовал некто «Корень», латыш, бывший младший командир Красной Армии, перешедший в первые дни войны к немцам и удивлявший даже оккупантов невероятной жестокостью в карательных операциях.
При отступлении из Прибалтики немцы, точнее — военная разведка «Абвер», завербовали «Корня», основательно его подготовили в качестве боевика и радиста, снабдили быстродействующей рацией, большим количеством подрывных средств и настоящими советскими документами. Ему в помощь придали еще двух агентов из местных жителей. Задание было традиционным: осесть на узловой станции Елгава, собирать информацию о движении воинских эшелонов, проводить на железной дороге подрывные акции и индивидуальный террор против местной администрации по особым указаниям. Информацию и отчеты об операциях радировать.
На «Корня», легализовавшегося под другой фамилией в Елгаве, первыми вышли не наши чекисты, а его же "братья по оружию" из крупного бандформирования "Даугавас ванаги" ("Двинские соколы"), они хорошо его помнили по совместным карательным акциям против советских партизан. Агентурную связь с немцами от них он скрыл, но был вынужден согласиться на сотрудничество. Однако вскоре, почувствовав повышенное к себе внимание советской контрразведки, без согласования с «Ванагами» перешел на нелегальное положение, обосновавшись в хорошо оборудованном лесном "схроне".
По согласованию с Абакумовым Евгений Петрович сам занялся расследованием и срочно вылетел в Ригу.