Операция началась летом 1922 г. с ареста одного из деятелей «НСЗРиС», адъютанта Савинкова, бывшего царского офицера Леонида Шешени. Шешеня перешел советско-польскую границу для связи с савинковскими агентами М.Н. Зекуновым и бывшим штабс-капитаном В.И. Герасимовым. На допросе в ГПУ он рассказал о деятельности «НСЗРиС» на советской территории. На основании показаний Шешени было ликвидировано несколько ячеек этой организации в Западном крае (Белорусская ССР, Смоленская, Брянская, Витебская, Гомельская губернии) и арестованы связники Савинкова. Герасимов был осужден, а Зекунов завербован ГПУ для проведения операции «Синдикат-2». Были присвоены псевдонимы новым агентам: Зекунову — «Михайловский», а Шешене — «Искра».
Следующим этапом оперативной игры стало легендирование антисоветской организации «Либеральные демократы» в Москве («ЛД»). Лидером «ЛД» был назначен сотрудник КРО по закордонной работе А.П. Федоров (псевдоним «Петров-Мухин»), для контакта с «НСЗРиС» представляемый как белый офицер (этому способствовала предыдущая служба Федорова в царской армии).
Информация о составе и деятельности «ЛД» была предоставлена в письме, адресованном родственнику Шешени в Варшаве, члену «НСЗРиС» Ивану Фомичеву. Поездка Зекунова в декабре 1922 — январе 1923 гг. в Польшу дала следующие результаты: передача письма, содержащего дезинформацию о московской либерально-демократической группе, установление контакта с руководителями варшавского «НСЗРиС» И.Т. Фомичевым, Д.В. Философовым, бывшим членом Одесского военно-окружного суда Е.С. Шевченко и писателем, автором скандально известного эротического романа «Санин» М.П. Арцыбашевым. Также Зекуновым была возобновлена связь с польской разведкой (он передал ее представителям полученный от «Новицкого» — С.В. Пузицкого — «подлинный» приказ по артиллерии РККА об обследовании артскладов в Московском военном округе и копию докладной записки о создании при Штабе РККА отделения по изучению польской армии), частично выявлены планы ее подрывной работы против СССР и установлены агенты Савинкова на советской территории: Веселое, Горелов, Нагель-Нейман, Росселевич и другие (впоследствии арестованные). Также были арестованы и осуждены посланные Савинковым в СССР для организации терактов против советских руководителей бывшие офицеры В.И. Свежевский и М.Н. Гнилорыбов (находясь во Внутренней тюрьме на Лубянке, полковник Гнилорыбов, обезоружив охранника, чуть было не проник в кабинет Ф.Э. Дзержинского, но был схвачен чекистами Абрамом Беленьким и Борисом Алтайским).
Переговоры с варшавским, парижским центрами контрреволюционной организации и польской разведкой привели Савинкова к убеждению возглавить «ЛД». На встрече Фомичева с деятелями фиктивной советской группы в Москве (апрель 1923 г.) было принято решение создать «Московский комитет «НСЗРиС» и направить в Париж к Савинкову представителей «Либерально-демократической организации». Также Фомичев был снабжен военной дезинформацией для польской разведки. «Михайловский» (Зекунов) вместе с Федоровым («Мухин-Петров») по приезде в Польшу встретились с капитаном Секундой из экспозитуры (пограничного пункта) № 1, который согласился оплачивать информацию о Красной Армии и передал Шешене деньги для выполнения особого задания. Получив «разведывательные материалы», польские спецслужбы предложили Федорову сотрудничество.