Какой бы аморфной ни казалась Церковь первых поколений своего существования для внешнего наблюдателя, в ней уже было принципиально важное иерархическое разделение на клир и мир, то есть на священнослужителей (клириков) и простых членов Церкви (мирян). Это разделение восходило к самому Иисусу Христу, который отобрал для своего служения двенадцать апостолов, передал им на Тайной Вечери возможность совершать евхаристию, то есть превращать хлеб и вино в Плоть и Кровь Христа для причастия, а после вознесения Христа на апостолов спустился Святой Дух, что знаменовало собой рождение Церкви Христовой, отмечаемое в праздник Пятидесятницы. Все остальные люди отныне могли получить свое крещение и причащение только от апостолов либо от тех людей, которым этот дар передали сами апостолы, то есть рукоположенных священнослужителей Церкви. В свою очередь, эти священнослужители могли также рукополагать других людей, и, таким образом, священство Церкви увеличивалось в огромном количестве.
Вот эта причастность к цепочке рукоположений, восходящих к самим апостолам, и называется апостольским преемством — основой существования всей церковной иерархии. В обязанности священству вменялось, во-первых, совершать церковные священнодействия, во-вторых, просвещать свою паству и обращать к Христу новых людей, в-третьих, управлять самой Церковью. Одновременно с этим внутри самого священства произошло разделение на три степени служения — епископство, пресвитерство и диаконство.
Связана эта стратификация исключительно с управленческой функцией клира. Дело в том, что уже в I веке церковные общины настолько разрастались, что для их эффективного управления и евхаристического окормления очень быстро потребовалось назначать главного священнослужителя, который бы мог управлять всей общиной, как правило, в масштабах одного города и его окрестностей. Тема города здесь не случайна — христианство преимущественно распространялось именно по городам и только потом находило понимание в сельской местности, где отказ от языческих суеверий, в основном связанных с аграрноприродным циклом, проходил значительно медленнее. В итоге таким главным священнослужителем, управляющим всей местной иерархией, стал епископ, обладающий исключительным правом совершать два основных священнодействия, обеспечивающие Церкви ее количественный рост.
Во-первых, епископ может рукополагать пресвитеров и диаконов, а двое епископов могут рукополагать нового епископа.
Во-вторых, епископ может освящать антимнис, специальный матерчатый плат, на котором можно совершать Литургию — главное церковное богослужение, смыслом которого является евхаристия. Не случайно впоследствии епископов станут называть «князьями Церкви».
В отличие от епископа, пресвитер не может никого рукополагать или освящать антимнис, но он может выполнять все остальные священнодействия: и крещение, и евхаристию, и венчание, и отпевание и т. д. Если все епископы — это архиереи, то пресвитеры — это просто иереи, то есть священники в собственном смысле слова. Однако в связи с этой необходимой стратификацией в раннем христианстве периодически возникал спор о том, насколько епископ может представлять всю полноту своей поместной Церкви или он обязательно должен советоваться со всеми пресвитерами своей епархии и по всем вопросам выступать вместе с ними. Неудивительно, что вульгарно-политический взгляд на этот вопрос со стороны некоторых либеральных и марксистских исследователей интерпретирует это противоречие как конфликт «церковной аристократии» и «церковной демократии», хотя в действительности речь шла именно об эффективном управлении Церковью, которая в условиях постоянных внешних и внутренних угроз не могла себе позволить паралич безвластия. В конце концов, в любой епархии может найтись много несогласных священников по любому вопросу, и если бесконечно согласовывать с ними каждое решение, то никакие решения в принципе не будут приняты, а о принятии общецерковных догматов и канонов можно и не мечтать. Поэтому Церковь очень рано пошла по пути епископского управления, что колоссально упростило принятие решений на местах и общецерковное общение между разными епархиями.